在沃木斯会议后，神圣罗马帝国皇帝查理五世颁布谕令，判定路德马丁为异端，并取缔其一切著作。但因外战频仍，此谕令一直没有彻底执行。德国南部诸王公效忠于帝国和天主教，北部王公们却支持路德。在改教人士与王侯们的力促下，第一次施派尔会议（Diet of Speyer）于主后一五二六年召开，决定在正式的大公会议召开前，王侯们可以自行决定信仰方式，并以信用向神和皇帝负责，因而暂时冻结了处分路德的沃木斯谕令。
一五二九年，施派尔会议二度召开，在查理五世的支持下，支持天主教的王侯们坚决贯彻沃木斯谕令，并拟将改革派的区域天主教化。路德派人士对此提出严正抗议，抗议宗 （Protestant，或译为更正教 ）一辞即由此而来。
一五三○年，查理五世在击退犯境的鄂图曼土耳其大军后，重新审视帝国内的宗教问题，于奥格斯堡召开会议（Diet of Augsburg），邀请天主教与路德派双方在会议中陈明信仰。由于不法的身分所限，路德委派了墨兰顿代表出席。墨兰顿在会议上发表了著名的《奥格斯堡信条》（Augsburg Confession），不仅为宗教改革的重要文献，也成了日后路德派的标准信仰声明。罗马天主教方面则立即发表了《反驳书》驳斥其说法，并要求查理五世予以取缔。谈判乃再告破裂。
支持路德的王侯惟恐查理五世以军事行动进行镇压，于一五三一年二月组织‘施马加登防卫联盟’（Schmalkaldic League）。此时鄂图曼大军再度犯境，双方休战结盟，共御外敌。日后虽又召开几次协商会议，却始终徒劳无功。
第二次施派尔会议结束之后，黑森（Hessen）亲王腓力（Landgraf Philip）为整合日耳曼与瑞士地区的改教势力，遂邀请路德、慈运理、以及其他多位改革者于马尔堡（Marburg）协商。然因圣餐教义观点之分歧，至终无法达成黑森亲王的合一目标。
当时出席者还有兰伯特（Francois Lambert），为黑森亲王好友，在法国、德国、瑞士一带进行改革，曾草拟一分教会改革蓝图，主张教会应由会众自治，避免政治势力的介入，却因路德介入而告吹。路德认为，当时的改革派正与天主教对峙，亟需贵族支持，谈民意言之过早。为笼络贵族势力，路德倾向由政权来决定教会的圣职、圣礼事宜。
同时期有一位改革者，既不同流于罗马天主教，又不附从路德派或重浸派，就是西利西亚（Silesia）的贵族士文克斐尔（Kaspar von Schwenckfeld，一四八九至一五六一年）。士文克斐尔热爱研读圣经，认为‘整本圣经的总和，就是基督’，并建议在遇到疑难经文时，要‘以连同上下文一起研究，以经解经’。在教会方面，他主张以新约初期的教会为模型，教会应是在各地出现，以基督为元首，让圣灵掌权，活出基督身体的实际。对于受浸，他清楚‘信而受浸’乃一体之两面，必须一致；但是他也没有加入重浸派。
因着士文克斐尔在圣餐的教义上与路德的观点有所分歧，加上其根据圣经所建立的教会日益兴旺，引起了路德派和当局的抨击与迫害，使他四处流浪三十年之久。他所建立的团体不敢承认是教会，恐怕因此被归类为某派，失去服事更多爱主之信徒的机会。他们也暂停施浸和擘饼，祈求并等候圣灵的浇灌，使教会能合一；至于他们的职责，就是领人归主，以真理和生命供应有心者，盼望将来的荣耀。
中世纪的农民，因长期饱受贵族与教会剥削，经常抗议与作乱。路德的改教，支持者大多是农民，不少人是借以达到社会革命的目的，要求废弃压迫农民的政治与宗教制度。路德的神学强调信心与自由，更被农民借用作社会运动的基础。一五二四年六月，由于德国南部公侯逼迫路德派，导致农民陆续起来暴动；翌年更蔓延至瑞士及德国各地，低阶人士闻风而从者三十万。接着革命团体出版《十二条款》（Twelve Articles of the Peasantry），以路德‘信徒皆祭司’的观点为由，要求免除劳役和什一税，进行政治改革；又以路德痛斥修道主义为借口而洗劫修院，充公财物。
农民暴动的领导人闵次尔，原为神父，经路德的劝导与援助成为福音传道人，颇受路德器重。但他的思想喜趋极端，渐与路德抵触，终成为反对路德者。他认为路德推翻教皇权威，以圣经为权威，不过走了一半，他却要再走一半，就是纵无圣经之助，人亦可直接从神接受圣灵，借异梦或异象得到‘内心之道’（Inner Word）和‘内心的光’（Inner Light），而获得启示；同时借着受圣灵浇灌，加入被预定的团体，从世界分别出来。他引用启示录说，可用武力消除不信者，建立神权统治，将神的国度带到地上。这种神秘的属灵主义，便这样开始在更正教中产生影响，并且鼓动农民，使暴动更增加浓厚的宗教色彩。
路德起初对农民表示同情，他曾说，‘我是农民的儿子，我的父亲、祖父、先祖们都是真正的农民，’并以自己的出身为荣。在暴动初期，他写了《和平的谏言：对斯华比亚十二条款的答覆》，称农民为‘亲爱的弟兄’和‘朋友’，责备不合理的领主；但他也坚称，基督徒没有权利诉诸自然权力（natural right）而得到公义，劝戒农民该尊重政府。但农民却回应以更严重的暴乱，越趋残虐，以致杀人放火，无所不用其极。
由于信仰主张不同，加上对于改革见解的歧异，路德的怒气在闵次尔于慕哈森（Mulhausen）率人奉神的名屠杀镇压者，并威胁到威登堡时爆发。震惊之余，路德立即写下《反对农民的集体抢掠与屠杀》，列举农民抢夺、杀人、并假借福音之名行事等三大罪状，应当严惩，各王侯亦应尽所能制止暴乱。
王侯们根据路德的‘劝告’大施屠戮，估计有十万农民遭戮，重伤者不计其数，闵次尔亦被斩杀。路德在得知贵族的凶残，十分痛心，认为是自己‘击杀了这一切农民，…他们的血要归到我头上’。
农民革命犹如一场梦魇，使路德与农民间产生极大的隔阂。本来农民是路德改教的忠实支持者，农民们也认为路德会了解、同情、并帮助他们；然而路德所关切的并非物质、社会方面的革新，而是宗教、神学上的改良。路德认为，社会总是腐败的，从来不能拯救人，也不会因着有一个好的社会就会使人变得更好；所以基督在世上，最终受到的是苦难；人要得救的方法，就是从社会中被拯救出来。农民革命的结果，使路德与农民从此相互失去了信心。
由于暴动期间，农民以自由、平等为口号进行暴乱，使福音受到扭曲，路德就引用罗马十四章及提前二章神圣权力的教训，企图借俗世权威之手，建立一个和平、有序的社会，俾有利于福音的宣传。而各王侯政权也利用路德的言论，加强中央集权。
农民革命后，德国地区，北部属路德派，南部归到天主教。贵族或地主阶级，惟恐再度有暴乱，情愿王侯加强中央权力，并支持路德，促成德国国教的成形。
早在路德改教前，天主教内部便出现了许多振兴灵性的声音，如《效法基督》的作者肯培多马（Thomas Kempis），如人文主义学者伊拉斯谟斯（Erasmus）等，主张回到圣经及早期教父的教训。在路德钉上九十五条的同年，‘圣爱会’（Oratory of Divine Love）在罗马成立，以后许多强调互助、善行的组织和修会纷纷成立，巡回的修士在城乡里推动奋兴，阅读祷告和灵修作品，无意批判教义，只盼望在生命方面带来复兴。
这段时期成立的修会中，最具影响力的为耶稣会（Society of Jesus），创办人罗耀拉（Ignatius Loyola），原为西班牙军人，一五二一年因重伤退役。康复期间阅读有关基督生平及早期圣徒书籍，深受感动，乃立誓成为耶稣精兵，严守纪律，顺从基督。以后他一路求学、旅行、著作，于一五二八年入巴黎大学进修神学。希奇的是，在同一时期，喀尔文亦就读该校，但无迹象显示两人相遇过，日后两人也走了不同的方向。一五三三年，喀尔文参与改教运动；一五三四年，罗耀拉和室友方济及五位伙伴共同起誓，要过贫穷、慈惠、宣教的生活，并完全效忠教皇。一五四○年，教皇同意耶稣会正式成立，由罗耀拉制定并修改规例。
耶稣会有三项主要任务：对抗新教、提供高品质的教育、推动宣教工作。对于耶稣会教士，神在地上的国度集中于罗马教会，以教皇为代表，所有离开教廷组织或教义者皆为异端。他们在义大利、西班牙、葡萄牙迅速扩展，并在宗教裁判所的支持下，四处攻击更正教徒，又将天主教传播到美洲、非洲、亚洲等地。明朝来华的利玛窦、汤若望等即为耶稣会的传教士。
因着更正派的威胁，天主教中下层教士及学术界，兴起召开大公会议研拟改革的呼声。神圣罗马帝国皇帝查理五世即位后，亟思改革教会。起初他希望借路德达到目的，但路德太过激进。一五二一年教皇利奥十世突然亡故，在查理五世的压力下，教廷选出曾担任他导师的哈得良（Hadrian）继任。哈得良相当虔诚，也曾参与许多改革活动，包括圣经研究、神职教育、改进讲道方式等；继任后他规画了一连串裁员、节流的改革措施，同时天天主持弥撒。但他轻看了路德的改教，以致在位二十个月后，便心力交瘁而死。他的墓碑上写着：‘他一生最大的不幸是被选立为教皇。’
保罗三世于一五三四年就任教皇。在世俗的压力下，他采取了具体改革的方向与作为，严厉对付教士的不良素行，同意耶稣会的成立，又任命几位杰出的致力改革人士为枢机。为了抗衡反对的枢机们，他催促查理五世及法国国王法兰西斯一世协助他召开大公会议；终于在一五四五年开始了天特大会（Council of Trent）。会议长达十八年，一共召开二十五次，为天主教历史上的重要转捩点，影响了往后四百年天主教的组织与教义。会议中详细讨论引起争论的教义，并拒绝一切更正派观点，重申传统与教皇的权威，反对圣餐‘变质论’以外的一切立场，强调圣礼的功效，重新肯定炼狱与善功的观念。会议并决定以《武加大》译本圣经作为天主教的标准译本，宣布罗马天主教会是圣经的诠译者。
天特会议不仅确定了天主教的教义，也针对神职人员的纪律进行改革，许多教廷弊政逐一扫除，为中世纪后的罗马天主教稍微带来一丝振兴的气象。但是由于改教人士的缺席，同时教会的本质不但未改，反而更高举、肯定其错误的体系，所以又被称为‘反改教运动’（Counter-Reformation）。
路德鉴于天主教的压迫，与俗世政权妥协，采取授与圣职仪式。一五三六年十二月，路德苦心构思出一篇信经，于翌年二月被批准，名为施马加登条款（Schmalkald Articles）。
路德去世后，跟从者在神学观点上出现了分歧。路德的助手墨兰顿性情温和，一面主张与罗马天主教和解，另一面又有几分欣赏喀尔文派的教义。为了与天主教妥协，墨兰顿与德国主教草拟一分《来比锡临时和约》，约中坚持路德派的基本教义，却同时保留天主教的部分传统。这引起一些忠于路德的信徒十分不满，称墨兰顿与其跟随者为‘腓力派’（墨兰顿全名为腓力墨兰顿），称自己方为‘正统路德宗’。
双方一直争执到奥格斯堡信条五十周年后，一五七七年的《协和信条》（Formula of Concord），才暂时止息，获得多数路德派的认同。然与奥格斯堡信条相比，协和信条不仅僵化、缺乏活力，且极富经院哲学意味；而信义宗高等神学亦由此发轫。一六二二年，耶拿大学的格哈德（Johann Gerhard）发表了《神学大全》，为路德派（信义宗）典型的经院哲学派全理性神学。
‘施马加登’同盟成立时，不仅包括德国北部，亦有南部一些大城加入。以后查理五世与法国和鄂图曼开战，无暇干涉路德宗的发展；慈运理等人战死，更使德国南部转而支持路德宗。按一五四六年的统计，似乎德国地区有十分之九属路德宗；超过三分之二的奥地利人为其教徒。包括波希米亚、摩尔维亚、波兰大部分皆属更正派，亦散播往周围诸国。
但此刻路德宗亦遭遇最艰苦的时期。查理五世于一五四四年与法国订立和平条约，双方同意在境内扫除更正教；隔年十月又与鄂图曼订立停战协定；十二月天特会议召开，路德宗决定不派代表，使皇帝和教皇得到武力攻击的口实。一五四六年二月十八日凌晨，路德病逝于出生地，葬于威登堡教堂中的讲坛右侧。不久教皇发动‘十字军’，凡加入者皆获大赦，又以赀财援助查理五世。翌年‘施马加登’同盟大败，萨克森选侯腓德烈及黑森亲王腓力皆被囚，改教运动的熊熊圣火几成死灰。
由于教皇和查理五世之间的纠结，各自为政，互相忌惮对方势力，以致成为水火。一五五二年，查理五世再度与鄂图曼、法国交战；新任萨克森公爵阵前倒戈，威胁查理五世缔结和平条约，规定恢复一五四五年的宗教情势。三年后，奥格斯堡会议召开，路德宗的改教运动获得天主教承认，确立‘谁的地区，谁的宗教’，各王公得择一信仰，少数意见离异者可移居他处；但却排除了慈运理、喀尔文派、和其他所谓过激主义，且不包括尼德兰地区（今荷兰）和德国境内的天主教会。
十六世纪的欧洲，因着宗教版图的重整，爆发了多次的战争。归其原因，主要是一开始天主教即采用诉诸武力的方式镇压，以巩固其教权；这迫使改革者揭竿而抗之。在奥格斯堡和平条约后，天主教随即将矛头指向其他更正派，无论是当时最强大的西班牙、仍属天主教信仰的法国、欲恢复天主教信仰的英国，皆在其辖区掀起大规模的逼迫；如西班牙统治下的荷兰，有数以万计的人成为‘宗教裁判所’的受害者，英国的玛丽女王也获得‘血腥玛丽’的称号。
这些争战最后几乎都是更正教获胜。如一五九八年，法王亨利四世为得王位，由更正派信仰改为天主教，却颁布《南特诏书》（Edict of Nantes）容许宗教自由，并给与更正派政治权利。一五五八年伊莉莎白一世继任英王，对宗教采取温和政策。一五八一年，荷兰共和国向西班牙宣布独立，喀尔文派成为官方宗教。
虽然如此，并未结束宗教纷争。在日耳曼地区，天主教及喀尔文派皆不满意奥格斯堡的协定。耶稣会要求取回落入更正派手中的产业；日渐强大的喀尔文派不满自己仍被视为违法宗教；加上世俗王侯间的政治恩怨，最后终于引发了一场看似无关紧要且无意义的大战，即一六一八至一六四八的‘三十年战争’。
战争分为四个阶段，从波希米亚、摩尔维亚（今捷克）延至奥地利，扩及欧洲大部分地区，牵连甚广，摧残极烈。就中欧地区而言，人口锐减三分之二，举目所见田野荒芜，工商摧毁殆尽，凄凉之景持续近一世纪。战火结束于一六四八年签订的西发里亚和约（Peace of Westphalia），厘定国土边界，重申‘谁的地区，谁的宗教’原则，把更正教各派包括在内，并且王侯不得改变其信仰，天主教不得干涉各邦的宗教事务。于是更正教得以与天主教分庭抗礼，获得日耳曼地区的支持；双方在那地的地理界限，迄今亦无太大变迁。
丹麦、挪威、瑞典于一三九七年签约，成立联合王国，主由丹麦管辖；路德改教时，丹麦国王也想凭自己的权威，建立归他管辖的教会体系。所以在瑞典，他借口护卫天主教，扑灭瑞典爱国政党，导致一五二一年瑞典独立成功，并于一五二三年十一月拒绝批准教廷主教的选举，拒缴教会税，与天主教决裂，加入更正教；一五三一年选出第一位更正派的大主教。对于挪威，丹麦王赞助改教运动，却又处处干涉，终于一五二三年遭流放。
被选继任之丹麦王，被选条件为必须拥护贵族权，并禁止更正教‘传播异端’。他巧妙的挑起贵族嫉妒有势力的大主教，并渴望自己能得到一些天主教的产业，来支持自己的改教政策。一般平民因厌恶天主教的恶例，如滥卖赎罪券等，也赞成国王的措施。一五二七年，国王下令主教职位应由国王委任，承认信义宗与天主教地位相同。一五三二年，丹麦获准加入施马加登同盟，正式接受信义宗的信仰。
挪威因与丹麦联合，受其影响，接受信义宗信仰。辖管的冰岛，由于两位主教当中一位的继子受教于路德，返乡后于一五四○年继任主教，立即发起改教运动，刊行冰岛文的新约圣经译本。一五五四年，冰岛定信义宗为国教。
瑞典改教源于两位曾在威登堡大学受教的学者，返国后大力倡导信义宗。一五二一年独立运动的领导者古斯塔夫（Gustavus Vasa）曾受教于二人，当选国王后经济困难，乃借改教运动没收天主教财产，削弱大主教的权势。一五二六年出版瑞典文的新约圣经译本。翌年国会决议，国王是瑞典教会最高领袖，接受信义宗信仰。此运动迅即传入芬兰，于是整个北欧成为信义宗的天下。
在三十年战争中，最初丹麦参与更正教派。一六二九年更正派大败，天主教颁布归还谕，强迫全欧洲回复到天主教制度中。一六三○年瑞典王‘北方雄狮’阿道夫古斯塔夫（Gustavus Adolphus）为免瑞典沦为天主教下一个目标，先一步为保卫更正教率军登陆德国地区，隔年大败天主教同盟军，长驱直入莱茵河。又次年，与天主教名将华伦斯坦（Wallenstein）会战于来比锡附近的卢茨（Lutzen），因浓雾与部队主力隔离，力战而死，但是更正教却获大胜。
法国此时虽信奉天主教，眼见哈布士堡王朝（Habsburg）势力不断膨胀，先经援瑞典，后派兵参战，至终和瑞典同为战胜国。瑞典国势骤强，使波罗的海成为其内湖。更正教经此一战，终于完全确立了其宗教版图。
三十年战争后，德国地区正式成为更正教的区域，但是教会也逐渐形成国教，脱不开政府的干涉与安排；神职人员形同公职，造成灵性上的普遍低落。此外，路德重视个人与神的主观经历，逐渐被墨兰顿条理式的信仰所取代，发展成经院哲学般的信义宗主义；名义上根据圣经，实际上却是一种刻版、僵化的教理解释。因此不过短短一百年，信义会就从原先注重与神相交的主观信心中，再度落入了死沉的道理与仪式。只要谨守洗礼，领受圣礼，遵守规章，定时礼拜、听道，就称得上是一位好信徒。于是激起一些改革者追求更深、更有意义的基督徒生活。注重生命经历的敬虔运动，便在十七世纪的欧洲普遍展开。由于追求敬虔生活，因而被称为‘敬虔派’（The Pietists）。
这班信徒并未推翻或脱离信义会，而是将路德所主张的‘理想’一一实行出来。他们常在家中聚集，几家聚在一起读经、祷告。聚会并非一人讲、众人听，乃是在‘人人皆祭司’的原则下，共同分享。他们认为读经不重在知识，乃重在生命与喂养；圣经必须应用于实际的生活中，以活出圣洁、道德的生活。在个人经历方面，他们注重信徒悔改与重生的主观经历，并以基督为中心，被祂的恩典充满。此外，他们也实行社会救济，赒济穷人和寡妇，极力推行海外布道，为当时僵化的路德会，注入一股新鲜的活力。
德国敬虔运动的主要人物施本尔（Philip Jacob Spener），一六三五年生于亚尔萨斯（Alsace），三十五岁成为法兰克福路德会牧师。他曾走访瑞士，受到拉巴第派信徒的影响。拉巴第（Labadie）原为天主教修士，由于看见当时天主教与更正教的败坏，决心回复圣经中初期教会的样式。他认为敬虔生活的能力，源自与神的交通；人只能透过圣灵的光照，才能明白圣经。拉巴第先在日内瓦执牧，后转往荷兰米第堡（Middelburg）进行改革，并曾试图在阿姆斯特丹建立‘家庭教会’，但至终没有改革成功。
施本尔也受到亚仁特（Johann Arndt）《真基督教》（True Christianity）的影响。由于三十年战争所带来的动乱与灵性低落，施本尔深感教会亟需改革。他强调重生的重要，鼓励信徒对基督都有个人的经历，并建立个人祷告、读经等习惯。一六七五年他出版了《敬虔愿望》（Pia Desideria）小册，提出复兴路德派的六项建议：（一）个人精读圣经；（二）恢复信徒皆祭司的真理与实行；（三）除圣经知识，亦须有爱心行为与生活；（四）读经不重教义辩论，乃重寻求真理；（五）需以崇高的道德标准重组大学；（六）复兴福音讲台，广传福音。
施本尔在家中召聚信徒读经、祷告、分享，盼望恢复使徒时代人人尽功用、彼此互相的聚会方式。尽管他自始至终都是虔敬的路德会教徒，但他的改革却受到路德会神学家的猛烈抨击，认为他过分重视灵修，轻忽教义。不过他的改革仍吸引许多寻求敬虔的信徒，为十七世纪德国地区的基督教注入一股清流。
深受施本尔影响的人中，有一位名为富朗开（August Hermann Francke）的青年讲师；他在一六八七年经历了主观的悔改与重生，后在德勒斯堡与施本尔共居二月之久，完全接受敬虔主义。返回来比锡后，他在大学里演讲，深受欢迎。此举引起路德派选侯的不安，下令禁止居民举行‘小聚会’，富朗开便转往尔弗特执牧。
一六九一年，布兰登堡选侯腓德烈三世（后成普鲁士王腓德烈一世）于哈勒（Halle）自建一所大学，在施本尔的引荐下，富朗开前往哈勒附近的格劳查（Glauchau）小镇牧会，并出任哈勒大学的教授。在他长达三十年的影响下，哈勒大学成了敬虔运动的中心。他创办儿童教养院、圣经学院、拉丁学校、孤儿院、救济中心、医疗所、及印刷圣经的出版机构，救济穷人，并且兴办教育。到他去世时，受教学生已达二千二百位之多，另有一百三十四名孤儿受到妥善照顾。新生铎夫（Zinzendorf）亦曾在此寄读。这些庞大的开销来自于富朗开的信心、祷告，及欧洲各地的捐款。
哈勒敬虔运动另一个令人瞩目的特点，就是海外宣教的热忱。一七○五年丹麦国王征召到印度开展的传教士中，就有两位哈勒的学生。十八世纪期间，哈勒及其教育机关更差出了不下六十名海外宣教士；其中最有名的是士瓦次（Schwartz），毕生于印度传道，直到逝世。
在教会历史上，敬虔主义具相当的贡献。一位激烈敬虔派信徒亚尔诺德（Gottfried Arnold）于一六九九年发表《中立的教会与异端史观》，认为信徒不能因当代潮流而判定异端，必须深入其思想。他甚至认为基督教历史中，许多‘异端’所阐明的真理，比所谓的‘正统’所阐明的还要多。相较于当时普遍驳斥与主流教会不符的教会历史而论，此观点无疑是一大进步。
一四一五年，胡司约翰以异端之名被天主教烧死后，跟随者遭遇极大的逼迫。胡司的信徒分为三派，其中有一派既不与政治妥协，也不以武力抗争，宁愿为信仰受苦。其中一位基利司基彼得（Peter of Chelcicky），写了一本书，将教会比喻成一栋房子，历经多年而成一个倒塌焚毁的废墟；他们的目的，就是要从这些断垣残壁的瓦砾中，找出真正的根基，逐渐加以恢复。
这班受逼迫的信徒，隐居在波希米亚肯瓦谷（Kunwald）的村庄里。一四五七年，他们依照圣经的原则设立教会，称为‘合一的弟兄们’（United Brethren），此即摩尔维亚教会的前身。他们认为自己活着乃是为了要事奉神，应在凡事上为神而活。他们彼此相爱，互相劝勉，过着安静与敬虔的生活；无论是生活或是事奉上，都为荣耀神而行。他们就这样平静的度过五十年的生活。
一五○一年，他们开始使用圣诗集。以后他们与路德和喀尔文皆有联络，在教训上越趋完备。一五一七年，更正教在德国刚起步，神圣罗马帝国皇帝和教皇联合起来攻击，也未放过这样的一班人，几乎将他们灭绝，此后一直陆续有逼迫。一五四八年，皇帝下令将他们赶到波兰，至终在奥斯曹洛（Ostrorog）安顿，广传福音，建立教会。
一五五六年，新任波希米亚国王准许他们回到家乡，恢复聚会。教会大而兴旺，遍及波希米亚、摩尔维亚、波兰三地。一五七一年，一位波兰贵族来到他们的聚会中，感动的说，‘永生活神阿，我心里充满何等的喜乐，因为我所看见和所听见的，的的确确让我身处在以弗所、帖撒罗尼迦、或其他使徒时代的教会中。我亲耳听见，也亲眼看见自己在新约书信中所读到的一切…。’一五七九至一五九三年间，他们将圣经译为捷克文，这个版本成了今天捷克文圣经的蓝本，也是捷克现代文学的基础。
合一弟兄会中亦有贵族加入，为避免随时受到逼迫，亟思将其立为波希米亚国教。一六○九年，在贵族武力要胁下，波希米亚国王签署了宗教自由宪章，由政府成立‘维护宗教委员会’，负责执行保护更正教的信仰声明。
一六一七年，信奉天主教、受耶稣会教育、反改教的菲迪南二世（Ferdinand II）成为波希米亚王，与耶稣会和信奉天主教的大臣联手，废止信仰自由的保障。信仰更正教的贵族不肯接受，声称有权选举自己的君王，于一六一八年将两位天主教摄政者从一个窗台上抛下，并召兵推翻菲迪南，另选信仰喀尔文派的帕拉丁（Palatinate）选侯腓德烈五世（Frederick V）为王，驱逐耶稣会教士。双方冲突至此越演越烈，更不幸的是菲迪南于一六一九年当上神圣罗马帝国的皇帝，使得原是地域性的战争，至终扩大到帝国全境，甚至欧洲大部分。‘三十年战争’便这样拉开了序幕。
一六二○年，布拉格城外的‘白山之战’，天主教联合军大胜，多名支持改教的贵族被斩首，国内产生暴动，许多人扶老携幼离开波希米亚与摩尔维亚，人数多达三万六千个家庭。整个十七世纪，合一弟兄会的信徒只能在暗中敬拜神，在当时的领导人康门纽（John Amos Comenius）激励下，成为神所保守的‘隐藏的种子’。
一六六○年康门纽曾写着：‘经历告诉我们，有时神让某些教会被毁坏，却兴起别的教会，或使他们在别处重新兴起。神要使一个教会在原地存活、死去，或者在别处复兴，我们并不知道。…照着神自己的应许，福音总是要被那些受过神正当管教的基督徒，传给地上其他的人民。因此…我们的损失，要成为世人的祝福。’
一七○七年，耶斯克乔治（George Jaeschke）在他八十三岁临终前，也说过类似的话：‘好像现在弟兄们的教会已经到了尽头，但是亲爱的孩子，你们将要看见一个大的拯救，是一切遗留下来之人的分。我不知道这个拯救会临及摩尔维亚本土，还是你们得离开这个巴比伦之地；无论如何，我深信这个拯救就要实现。…有一个避难的地方为你们预备，在那里，你们能够没有惧怕的，照着主的圣言事奉祂。’果然，日后他的儿子与孙子，就是第一批带着妻子儿子，踏上新生铎夫庄园的摩尔维亚信徒。
康门纽约翰（一五九二至一六七○年）出生于摩尔维亚的尼布尼兹（Nivnitz）。他的父亲康门纽马丁是敬虔的合一弟兄会信徒，去世于康门纽十岁那年，除康门纽外他还有两个女儿。之后两年内，康门纽的母亲和两个姊妹也相继去世，他在无依无靠下投靠了住在史翠斯尼兹（Strassnitz）的伯母，在那里接受初级学校教育。一六○八年，康门纽进入摩尔维亚弟兄会所办的普雷劳（Prerau）拉丁学校，正式接受中等教育。两年后进入德国纳塞（Nassau）的黑尔本（Herborn）大学就读。
一六一八年起，康门纽在富尼克（Fulneck）牧养合一弟兄会。一六二○年西班牙军进入富尼克，大肆破坏，他逃到薛勒帖查尔士（Charles von Zerotin）的城堡避难，成为当地弟兄们的领袖。他在古堡中写下《世界迷宫与心灵乐园》一书，性质类似《天路历程》，以寓言方式陈述人在世上找不到平安，惟有内住的基督才是人真正的平安。
以后康门纽被迫再度逃难，带着最后一批摩尔维亚信徒离开；途中因饥饿和瘟疫，妻儿相继去世，但他仍激励信徒，相信神必会为他们存留一些‘隐藏的种子’。他们最后在波兰的里萨（Lissa）栖身，康门纽在当地学校任职，亦曾到英国、瑞典等国。一六五○年，康门纽写下《临危母亲的见证》，说到那怀育信徒的母亲－教会，已经成了喝醉儿女之血的魔鬼，众姊妹－福音派教会应悔改，离开那亵渎神的巴比伦。他也呼吁一切诚实呼求主名的人，在真理中彼此联结，合而为一；回到圣经中最基本和最重要的真理根基上，逃避没有知识的热心，借着交通得着神的怜悯、耶稣的宝贵、及圣灵的恩赐。
一六六○年波兰遭遇天主教逼迫，康门纽又带着信徒逃往荷兰，并著作《哀痛之声》及《不可少的一件事》。一六七○年他逝世于阿姆斯特丹，死前已誉满全欧，被公认为教育工作的伟大先驱之一。
十六世纪的尼德兰（Netherlands，即荷兰），由十七个隶属西班牙统治的行省组成，范围包括今日的比利时与荷兰，共有三百五十城。由于农、工、商业兴盛，遂成人文荟萃之地，人文主义之王伊拉斯谟斯即出身该地。由于印刷业兴盛，圣经各种版本和相关书籍大量出版发行。所以路德派、瓦勒度派、门诺派、共同生活弟兄会、神秘主义、人文主义、和喀尔文等新教各派，都在这里得到发展。
由于出身相同，奥古斯丁派修道士很早就接受了路德的教义，并组织宣传机关，使得凡有德国侨商的尼德兰诸城成为散播改教思想的中心。后来由于天主教的压迫，喀尔文派主张用武力抵抗，便大为得势。到了一五五五年查理五世退位，将西班牙、荷兰、义大利境内西班牙属地的统治权授与其子腓力二世时，尼德兰大多为喀尔文派，其次为重浸派，信义宗反成少数团体。
腓力二世为使尼德兰与西班牙在政治与宗教上齐一，将实权交由以红衣主教的枢密院管理，并且令西班牙‘宗教裁判所’在此执行消灭异端的任务，派兵镇压反抗者。自一五六七年起，六年内处死了一万八千人，令全国充满恐惧气氛；又没收大批财产，课征十分之一的营业税，严重破坏经济。凡此皆引起贵族与中产阶级大为不满，因而爆发反抗行动。
一五七二年，奥兰治亲王威廉（William of Orange）率众起义，夺得布利尔省（Brill），尼德兰主要大城如西兰（Zealand）、弗立斯兰（Friesland）、乌特勒支（Utrecht）等纷纷响应。经过长期交战，北部七省终于一五八一年成立了荷兰邦联（United Provinces）。一五八四年，威廉遇刺身亡，由欧顿巴内威（Jan van Oldenbarnevelt）代领其众，宣布接受喀尔文派信仰。
荷兰的奋战得到英国女王伊莉莎白提供的军援，加上长期政治恩怨，腓力二世决定以‘无敌舰队’进攻英国，再回师平定尼德兰。舰队刚到达加莱（Calais），从普利茅斯（Plymouth）前来突袭的英国海军已经放纵火船突入，然后在狂风暴雨的帮助下发动猛攻，西班牙军大败。不过战争仍持续到一六○九年，荷兰邦联终获自主权；但要到一六四八年三十战争后，西班牙才承认其独立地位。
在革命期间，由于主张武力自卫，喀尔文派教会逐渐在荷兰地区取得绝对地位。他们采用长老制度、海德堡教义问答（Heidelberg Catechism）、和一五六二年议决的比利时信条（The Belgic Confession）。一五七一年，全国总议会在荷兰境外的艾姆顿（Emden）举行。一五七三年，奥兰治的威廉接受了喀尔文派信仰。
因着通商贸易的精神，以及在独立过程中对邻国援助之需要，荷兰的更正派对于各种不同的信仰极为宽容，甚至允许天主教徒自由居住与谋生，让重浸派信徒公开聚集，使得此地成为受宗教逼迫之人的避难处。神祝福此地，在十七世纪初成为海权强国，甚至一度占领台湾及印尼。
西门门诺生于 一四九二年，原是天主教神父。根据自述，他二十四岁在北荷兰的乡村中当天主教神父时，从未碰过圣经，对饼杯也没有认识。当他开始研读圣经后，便发现天主教的许多积习都不符合圣经教训，乃在一五三○年脱离了罗马天主教，成为自由的福音派传道人。
以后门诺听见重浸派遭逼迫一事，深感希奇。他殷勤查考圣经，发现圣经从未题及婴儿洗礼。一五三六年，门诺遇见了一些重浸派信徒，看见他们敬畏神，过清洁的生活，将闵斯特的暴力事件视为畏途，厌恶世人的宗派纷争，只单纯的传扬福音，并背负十字架，便深受感动及吸引。在他们的请求下，门诺重新受浸加入他们，肩负起牧养群羊的责任。
一五三七年起，门诺四处探望并加强那些分散在各地的信徒，将他们再度召聚起来，建立教会，并劳苦作工，达二十五年之久。门诺自述：‘我将身体和灵魂，都交在主的手中，…照着神的圣言，给人施浸，尽自己的一点点恩赐，为主作工，建造祂的圣城和圣殿，把失落的石头搬回原来该摆放的位置。’门诺反对以暴力对抗逼迫，认为信徒应在沉重的试炼与苦难中，借着基督的恩典，彰显神的性情；使那些自称是基督徒的神学家，以及那些流人血的暴君，蒙羞退后，站立不住。
一五四三年，门诺被人诬告为不法之徒，迫使他离开荷兰四处飘泊。几年后，他获得丹麦的阿福德伯爵（Count Alefeld）庇护，得以在和勒斯坦（Holstein）的弗瑞森堡（Fresenburg）居住，为重浸派信仰出版辩护文字。这些出版品使得当权者对重浸派信仰稍有认识，因而缓和了逼迫，使信徒获得一些聚集的自由。一五五九年，门诺在弗瑞森堡平安离世。
十七世纪中，荷兰独立运动结束，神学之争立即在更正教会中展开。主要的分歧在于神学家们在选召和救恩的真理上意见分歧。一派以喀尔文为首，主张无条件的选召和有限的救赎基督（基督只为选召者死）。另一派以莱顿大学（University of Leiden）的神学教授亚米纽斯（Jacobus Arminius，一五六○至一六○九年）为首，反对喀尔文的观点，又被称为‘抗辩派’（Remonstrants）。
亚米纽斯于一五七六年至一五八二年在莱顿大学受教，后至日内瓦深造，一五八八年回到阿姆斯特丹任牧师，后进莱顿大学教授神学。身为神学教授，亚米纽斯必须回答许多关于神的定旨与选召方面的神学问题。因此他开始质疑喀尔文神学中的无条件选召，以及人对救恩的责任。这样的争论先在莱顿大学校内，随即蔓延至整个荷兰更正教。
喀尔文派认为，人是全然堕落败坏的，全然受罪的辖制，在得救的事上毫无用处。神在人堕落之前，已经预定好那些人蒙拣选。在人堕落之后，神就将得救的恩典仅赐给那些蒙拣选的人。亚米纽斯则是认为，人因着亚当犯罪而软弱，但人有自由的意志拣选属灵的事。神并没有在人堕落以先，就预定拣选某些人。人的堕落乃是自由意志选择的结果，在人堕落之后，神才进行拣选。
亚米纽斯死后，艾顿波加特（Johannes）接续他的工作，继续发展其观点，一六一○年在官员支持下，发表宣告其信仰的《抗辩宣言》：（一）相信耶稣的救恩者可以得救；（二）基督为所有的人死；（三）圣灵帮助人行真正的善；（四）人可以抗拒神的救恩；（五）基督徒有可能失去其救恩。
两派的争论延伸到政治，省长支持抗辩派；其政敌支持喀尔文派，主张召开国家会议解决争执，省长却以各省独自处理宗教事务为由拒绝。一六一八年发生政变，省长遭到逮捕，隔年被处决。喀尔文派随即召开‘多特会议’（The Synod of Dort，一六一八至一六一九年），是更正教有史以来最大的会议，来自荷、英、德、瑞等地的更正教均有代表出席。会议中一致通过拒绝亚米纽斯的决案，并批准《比利时信条》和《海德堡教理问答》为荷兰改革宗共用的教义准则。至于亚米纽斯则成为循道会主义（Methodism）的先锋。
早在改教前的一百年（十四世纪），出身于牛津大学的神学家威克里夫约翰（见第三章），已对天主教提出种种批判。威克里夫的改革运动比路德马丁早了近一百年，但改革要点却与路德不谋而合。他在论文中明确指出：‘耶稣基督的福音，才是真正的信仰，’并且‘只有圣经是真理’。他认为一切的权柄都是出于神，掌权者必须在运用权柄的事上，向神负责。这等观点不仅否定了教皇的绝对权威，也否决了神职人员的中保地位。
威克里夫又将圣经翻译成英文版，以方便平民阅读。此举产生了重大影响，直接帮助许多人接受圣经作为信仰与行为的准则。他们接受圣经的权柄，痛斥教会堕落与拜偶像。据说当时英国每两个人中，就有一个是威克里夫派信徒。
威克里夫的改革自然引起罗马天主教的不满，然而因着英国贵族的保护，威氏生前并未受到审判。但在他过世后的几个宗教会议中，教廷不仅以异端之名将他的尸骨掘出焚化，且下令烧毁其著作，并逼迫跟从他的人所组成的福音团体‘罗拉德派’。不过此派并未因此在英国消失，反而深受中下阶层人士的喜爱，反圣品的思想深入民心。加上当时的人文主义、民族主义、以及大量涌入的路德著作，形成英国改革的几个主要原因。
英国对罗马教廷早已厌烦。一二一五年英国制定大宪章（Magna Carta）时，就已保障贵族在教廷权威下的基本自由。之后在教皇迁居亚威农时期，国会更立法通过禁止向罗马教廷申诉的法令，宣布国王才是处理国内宗教案件的最高权柄。但从十六至十七世纪，英国改革的真正导火线，却是英王亨利八世的婚姻问题。
亨利八世的妻子凯瑟琳（Catherine）为西班牙公主，是当时神圣罗马帝国皇帝兼西班牙王查理五世的姑母，结婚十多年未能生子。亨利借口担心王位无子继承将引发英国内战为由，要求教皇准许他休妻另娶。教皇因惧怕查理五世而迟迟不敢答覆。亨利因与宫内女官波丽安（Anne Boleyn）发生热恋，更急欲解决休妻一事。此时剑桥大学教授克蓝麦（Thomas Cranmer）向亨利建议，可就此事向各大学的神学家征求意见。亨利一面寻求学者们的支持，一面强迫神职人员承认国王为英国教会的元首，应停止纳税给教皇，并禁止向教皇申诉。为获得一般平民必要的支持，于一五二九年复活节准许更正派的书籍流传，一五三二年任命热心的更正派信徒高威尔多马（Thomas Cromwell）为首相。
一五三三年，亨利迎娶波丽安，并立克蓝麦为坎特布里大主教，承认其婚姻。隔年，教皇革除亨利八世的教籍；英国国会则通过《最高权威法》（The Act of Supremacy），宣布国王是‘英国教会世间惟一元首’，又通过《叛逆条例》（Act of High Treason），宣布任何人若称英王为异端，或否认宪法所授与国王的头衔，将属叛国死罪。接着亨利宣布在英国教会祈祷册中，删除教皇的名字。英国遂与罗马天主教完全分离。
一五三五年，亨利处决几位不肯承认国王权威的知名人士，包括前剑桥大学校长，同时也是红衣主教的斐设尔（John Fisher），以及亨利昔日的好友，《理想国》的作者莫尔爵士（Thomas More）。他又没收各地修道院的土地和财产，部分用以建筑学校或新主教区。结果多达三百七十六处的修道院被解散，六百四十五个修道院因而破产，致使修道主义在英国完全绝迹，由清教主义取代其地位。
在亨利混杂的婚姻关系上，始终支持亨利的大主教克蓝麦，倾向信义宗的观点。他接受威克里夫思想，盼望国家负起改教之责，并以推行圣经为首要。一五三六年，在克蓝麦的主导下，以奥格斯堡信条为根据，刊行《十项条文》（Ten Articles），对更正派作出最大让步。文中以圣经，和使徒、奈西亚、亚他那修三信经作为信仰准则，仅保留洗礼、告解礼、晚餐礼作为必要圣礼。只是亨利仍坚持圣餐变质、亡者弥撒、偶像崇拜等传统。
接着有改革派问答集《基督教人之培养》（The Institution of a Christian Man）的编著，以及几种圣经译本问世。一五三五年，以廷德勒译文为主干的科威德勒（Miles Coverdale）圣经英译本刊行，在克蓝麦与高威尔的准许下，各教堂需购置一本（以廷德尔译文为主干）的英文版圣经，供民众阅读；并以英文教授主祷文与十诫，然而圣礼仪式仍以拉丁文为主。一五三九年克蓝麦序言的《大圣经》（The Great Bible）刊行。亨利谕令一切会众要购买圣经，一切教士也要劝勉人民勤读。
尽管亨利与天主教决裂，但在信仰上仍以天主教的教义与礼仪为正统。亨利所要的，乃是一个在性质上属于国家、严格归国王管辖、改革的罗马教会。为了对抗法国和西班牙的攻击，亨利寻求德国地区路德派诸王侯的协助，但他们拒绝缔结任何不以承认信义宗教义为根据的盟约。亨利大怒，改与法、西妥协，于一五三九年强迫议会通过《六项条文》（Six Articles Act），禁止任何人在英国境内传授信义宗的教义，并打击一切包括路德派在内的改革派信徒，重新持守天主教教义，处决一切对变质论持异议者。
一五四○年亨利再娶一天主教徒凯瑟琳（Catherine Howard），并与查理五世订立军事同盟，作为他拒绝改革派的表示。一五四三年他又再婚，同时下令‘所有英文旧约及新约圣经，凡根据廷德勒…译本的，均须废止毁灭，不得保留’，凡不遵行者即遭厉严处分。信徒虽可阅读其他书籍，但只有官员、贵族等可与家人谈论圣经，商人可以私下阅读，其他人等皆不得公开或私下阅读圣经。亨利这种天主教的反动残暴性，赢得了‘英国的尼罗’称号。
亨利于一五四七年逝世，由第三任妻子生的儿子爱德华六世继承王位，登基时年仅九岁，由舅父西蒙尔（Edward Seymour）摄政。聪明的克蓝麦直到此时，才在教会政策上大量引导采纳更正教的方式，而得以领导创建英国改教运动文学上的新里程碑。爱德华自幼便接受改教家的训练，加上西蒙尔对于佃农阶级十分友善，也保护宗教上的自由，使得更正教的势力渐长。
一五四七年国会推翻之前的《六项条文》，准许有限的思想和出版自由。在克蓝麦的欢迎下，欧洲改教家和相关著作，纷纷进到英国，加强更正教的工作，并训练出许多优秀的教士。一五四九年，国会实施《合一条例》（Act of Uniformity），传令各地教会使用克蓝麦编纂之《公祷书》，保留主教、长老、执事三级，仪式务求简单，用英语礼拜，以圣经和读经为崇拜根本。今日英国教会仍大致沿用此书。一五五三年，克蓝麦又与六名神学家完成《四十二条信经》（Forty-two Articles of Religion），以后修改减至三十九条，为英国教会提供了教义规范。
一五五三年爱德华过世，由其姊玛丽（亨利第一任妻子凯瑟琳之女）继位，推翻爱德华任内所有的宗教法令，企图使英国重回天主教怀抱。一五五四年她率领国会阁员下跪，由天主教撤除英国异教的罪名，得以重返大公教会。又在表兄查理五世的安排下，嫁给他儿子西班牙国王腓力二世。此事令英国人民大感不安，深恐外国势力介入。玛丽仍无视于各地的骚动，极力促使英国重返天主教，处决了克蓝麦等近三百位更正教领袖，许多人被迫避难至苏格兰或欧洲大陆；她也因此获得‘血腥玛丽’（Bloody Mary）的称号。殉道者当时所表现的勇气留给英国人民难以磨灭的印象，爱国主义和更正教因而在他们心中成为同义辞。
一五五八年，无子嗣的玛丽病亡，由其妹（亨利第二任妻子波丽安之女）伊莉莎白继承王位，改以两面讨好的温和政策寻求人民支持。一五五九年，国会通过新版的《最高权威法》，废弃教皇权威，以英王为教会的最高管理者（Supreme Governor）；但多位神父拒绝签署。同时主教们拒绝承认国王权威，几乎全遭撤换。天主教强力的反抗，将伊莉莎白推向了更正教。她重新修订信经为《三十九条信经》，成为英国国教的信仰宣言，于一五七一年取得国会同意。一五六三年，国会通过《立誓法》（The Test Act）要求官员立誓效忠女王，又不许天主教徒加入下议院。同时福克斯约翰（John Foxe）的《殉道者》（Book of Martyrs）问世，更激起人民对天主教的反感。
当时的苏格兰女王玛丽是天主教徒，为伊莉莎白的表妹，丈夫是法国国王。一五五九年，成为喀尔文派的诺克斯约翰（John Knox）由日内瓦回到苏格兰，发动宗教改革；法国打算派兵镇压。翌年伊莉莎白与喀尔文派结盟，阻止法国势力的进入。一五六七年喀尔文派长老会得势，玛丽被迫退位，逃至伦敦。此后二十年，玛丽成为法国和西班牙利用以反英国的中心人物。一五六九年，伊莉莎白的改革，引起天主教徒在北部暴乱，罗马亦差耶稣会士秘密潜入英国，阴谋以武力推翻政权，改由她的表妹玛丽继任。一五八七年，玛丽终因牵连而被处死。一五八八年，西班牙‘无敌舰队’遭英国海军严重挫败，英国的改教至此也大致成形，国家教会又名圣公会。
随着英国的改教，提倡教会改革，‘清洗’天主教遗毒的改革派大兴，即世所通称的‘清教徒’。在玛丽女王统治期间，许多清教徒遭流放或被迫流亡海外；至伊莉莎白登位，他们纷纷带着强烈的喀尔文派思想回国，盼望改革教会。当时伊莉莎白实行温和政策，将天主教的仪文与改革宗神学相互搀杂，使得改革呼声日渐提高。大部分清教徒主张留在国教内，以渐进方式改革；另有一派较为激进，要求政教分离，故又被称为‘不奉国教者’（Non-conformists）。
留在教会内力求改革的清教徒，与英国圣公会间最大的争议，是圣礼仪式和祭司礼服的问题。一五六三年，伊莉莎白下令教士平日需穿着特定服装，引起清教徒反对。他们认为信徒皆为祭司，不应有袍服的分别。他们也反对信徒跪领圣餐，以及洗礼中的十架手势。尽管在教会总会议中以一票之差落败，但是却形成一股强大的势力。一五七二年代，剑桥大学教授卡特赖特（Thomas Cartwright）进一步在清教徒会议中，提出信徒平等的论点，要求放弃主教制度，由信徒自行推选长老；这无疑的是对圣公会的主教权威发出挑战，因此被开除教职。但是他与一些清教徒领袖组织了一些讲习班及宗教会议，而开启了英国长老会。
另一班主张政教分离的清教徒，开启了公理主义（Congregationalism）。一五八○年，毕业于剑桥的布朗尼（Robert Browne），在挪瑞奇（Norwich）成立第一个自由教会，主张教会应由真基督徒组成，并由信徒自行治理，地方的教会或区会才是教会行政的真正单位，有权按照新约制定自己的标准。面对这班清教徒，伊莉莎白于一五七七年委任强硬派人士担任大主教，以统一教会为由镇压清教徒。一五九三年，国会通过法令，信徒不得私自聚集，一经查出，立即驱除出境。流亡的清教徒，包括赖特及布朗尼，皆在欧洲的荷兰建立起据点，并且迅速向各地发展。以后移到新大陆的‘五月花’号旅客，多为这批受逼迫者。
伊莉莎白女王死后，表妹玛丽的儿子苏格兰王詹姆士一世即位兼任英国国王。清教徒联名上书，盼望修改圣公会礼仪条例。詹姆士允诺与清教徒开会讨论，于一六○四年在汉普顿宫（Hampton）召开宗教会议。会议惟一的结论，就是翻译一本新的圣经。共有五十四名学者参与，历时五年于一六一一年完成，亦即后来最广为流传的《英王钦定本圣经》（King James Version）。
詹姆士真正的想法是‘君权神授’，所以不仅无心修改圣公会条例，进而要求各教会要在主日讲坛后宣布体育动态，下令强调主日不可作工，敬虔生活的清教徒越来越无法容忍，纷纷开始离开英国。一六○七年，一批清教徒在罗宾森约翰（John Robinson）以及史密斯约翰（John Smyth）的带领下，欲前往新大陆寻找宗教自由。
他们首先到达荷兰的阿姆斯特丹，史密斯和其跟随者选择留下。后来他们遇到门诺会，史密斯同意其‘信而受浸’的主张，在当地成立浸信会，又打算与门诺会联合；反对者于一六一二年回到英国，在伦敦成立浸信会；但是其立场倾向亚米纽斯，又被称为‘普通浸信会’，另有部分信徒赞成喀尔文的主张，分离出去成立喀尔文派浸信会。
罗宾森和其跟随者则继续转往莱顿，建立新教会；他们在英国的同工则成立独立教会。以后两边的信徒都逐渐感觉要到新大陆。于是在罗宾森的祝福送行下，‘Speedwell’（一种植物名）号从荷兰出发；不久‘五月花’号从英国运载一批人前来会合，但‘Speedwell’号船破进水，在普利茅斯抛锚。所有人挤上‘五月花’号再度启航，海上的大风暴几乎迫使他们返回；但众人同心合意坚定往前，终于在九周后踏上新大陆。由于他们大多是勤奋的喀尔文派信徒，到美洲后，以民主的方式管理教会，不仅奠定了日后美国的民主政体，也为这个日后新兴而强大的国家扎下兴旺繁荣的基础。
查理一世继詹姆士为王，专制与暴虐更甚，笃信‘君权神授’，注重外表仪式，又是亚米纽斯派，尽力压制英国和苏格兰地区一切不从国教（圣公会）者，引发苏格兰长老会反抗；又因与国会不合，进而爆发内战。国会派称为圆颅党（Roundheads），保皇派称为骑士党（Cavaliers）。国会向苏格兰求援，答应其要求，制定《西敏斯特信条》（Westminster Confession）等，采行长老会式的教会行政。血战四年后，查理一世于一六四六年被俘。
克伦威尔（Oliver Cromwell）为圆颅党领导人物，无役不与，所部号称‘铁军’（Ironsides），战后威望一时无二。他仍希望以国王名义上之君主，而以议会掌握实权，主张按西敏斯特会议成立国家教会，也容忍浸信派和独立派，因为他和军中将士多为独立派，因此与喀尔文派发生冲突。喀尔文派借控制国会，提出裁军，余遣赴爱尔兰，又积欠粮饷不发。查理一世乘机与苏格兰人密约，企图脱逃。克伦威尔于半年内将反对者各个击破，以叛国罪处死国王，又解散国会，建立‘共和国’（The Commonwealth），自封‘护国公’（Lord Protector）。
克氏虽称因宗教自由起义，但他掌权后只保障教友及犹太人之信仰自由，恩泽不及天主教及圣公会。曾有‘平均主义者’（Levellers）要求自由，他却回答：‘他们有呼吸的自由。’有军士将平均主义者的传单置于军帽上，他下令取下，并当场枪毙不应命者。他仍有阶级意识，曾说，‘这里需要一个贵族，一个仕绅，一个小自耕农，一个农奴，此乃事理之当然。’他为人严酷少恩，部下曾有杀俘之举，又进兵爱尔兰，向同为新教的荷兰宣战，与信奉天主教的法国向另一信奉天主教的西班牙宣战。
克氏于一六五八年去世，由其子摄政两年。此时查理一世的长子流亡海外，宣布参与弑君者外，余概不追究，军中将领乃拥其返国复辟。查理二世登位，将克氏尸体挖出悬吊示众六小时，又将首级割下，以后流入私人手中，屡当古董买卖。一九六○年方由剑桥大学苏西学院（Sidney Sussex College）收得，葬于教堂之侧，盖因克氏一六一六至一七年为该书院学生。
查理二世虽为天主教徒，但因拥护者反对，只能将圣公会稍作修改。其弟詹姆士二世继位，立即从事恢复天主教崇拜，引发一六八八年的‘光荣革命’，由他信奉更正教的女儿及其丈夫荷兰亲王威廉登位，重申英国人民旧有权利与自由的人权法案，又采行《宽容条例》（Toleration Act），允许一切非异端之更正教派的自由礼拜权。于是长老会、独立派、公理会、浸信会、贵格会、圣公会等皆正式成立组织，为以后海外宣道奠定厚实的基础。
英国历史上最受欢迎、影响最深远的宗教作家，首推本仁约翰（John Bunyan）。他是喀尔文派浸信会信徒，因而被捕入狱十二年，期间着有《圣城》（Holy City）、《洋溢恩典》（Grace Abounding）、以及《天路历程》（Pilgrim?? Progress），描绘属灵的争战，关怀救赎的稳固。他最后为信仰殉道。另一作家弥尔顿（John Milton）虽瞎眼，却着有《失乐园》（Paradise Lost）与《乐园复得》（Paradise Regained），解释了人类的堕落与蒙救赎。
《殉道者》的作者福克斯约翰是贵格会的开路先锋，当代出名的圣经教师。他对外在繁琐仪式及富丽堂皇的教会建筑极度反感，认为这些过度物质化信徒的生活，因而掩盖了属灵的空虚，惟有从神的话才能得到满足，这话具体的指向神的儿子基督。信徒必须在基督里，与祂建立亲密的关系，摸着真实的喜乐。
福克斯献身福音的广传，拒绝专业传道人，也不同意任何的圣礼，单单注重属灵的实际，因而兴起许多聚会。虽然受到当局逼迫，许多人被捕、甚至死在狱中，他们仍将神的话传到欧洲、北美、西印度群岛等地。一位贵族宾夕法尼亚爵士（Sir William Penn）加入他们；由于英王欠他父亲的债，就把北美一块地划给他，就是今天美国的宾州。他帮助许多人移民到那里，于一六八二年建立了费城（Philadelphia，即‘弟兄相爱’之意）。当时且通过一项法令：信徒得在家中自由聚会。这为信徒挨家挨户的聚集提供合法性以及扩展力。
除此之外，还有华滋以撒（Isaac Watts），一位敬虔属神的人，出生时父亲因对主忠诚，被捕入狱；母亲亦为清教徒，十分爱主，有殉道者的灵，常带他去探监。因天资聪颖，许多有名望者愿推荐他入牛津深造，好日后成为圣公会牧师；但是他因圣灵爱的浇灌，坚决跟随父母的脚踪而拒绝，只愿忠信清心的走主道路。他一生作诗六千首，感觉细嫩且极为动人；著名诗歌，如‘我每静念那十字架’（《诗歌》八十五首）、‘我神、我爱、我的永分’（《诗歌》四四一首）等，皆脍炙人口，传诵不绝。