十四世纪民族主义兴起，英、法、德等欧洲地区对罗马教廷长期辖控的不满加剧，君王与教廷之间的权力冲突日增。这样的政治背景，为当时一些不满天主教内部腐败情形的改革者，提供了良好的政治庇护。其中最著名的，就是英国的威克里夫约翰（John Wycliffe）。
威克里夫毕业于牛津大学，是一位杰出的改革者，他高举圣经权柄，并将其翻译成英文，使广大的英语人民得以接触圣经。英王爱德华三世（Edward Ⅲ）之子约翰，为威氏的好友兼支持者，威氏亦支持其与教皇的产权之争。威氏反对教会敛财，并反对教皇干预政权。他认为真正的教会非肉眼可见，而是神所选召之人的组成；每位蒙召的信徒都是祭司，且都有读圣经之权利。他将拉丁文圣经译为英文，使福音与真理得以在英语世界广传。威氏的传讲对教廷带来极为不利的影响，因此，主后一三七七年，教皇曾五度下诏要逮捕威氏。然而在王子约翰及其他贵族的保护下，威氏始终无恙。
威克里夫晚年，爆发了贵族与平民联手攻击教会的农民革命（一三七七至一三八一年）。教廷将所有的破坏和损失，归咎于‘威克里夫派’。然而，因着政治势力的保护，威克里夫在世时并未遭受逼迫。但在他过世之后，天主教以重振教会为由，将异端的罪名加诸威氏，不仅将其尸骨掘出焚烧，还大肆逼迫其跟从者。
十五世纪初，一位深受威克里夫观点影响的学者－胡司约翰（John Huss），在波希米亚（今日的捷克境内）展开了另一波改革行动。一三四七年查理四世当选为神圣罗马帝国的皇帝，将布拉格定为主教辖区，并建立了中欧第一所大学－查理大学，使得欧洲学术思想大开。同时，天主教廷的腐败，加上波希米亚日耳曼人（德语）与捷克人（捷克语）的冲突，使得胡司约翰在波希米亚的改革格外引人瞩目。和威克里夫一样，胡司不仅将圣经翻译成为平民使用的捷克文，亦用捷克文传道，深受捷克人民的喜爱。胡司对教廷腐败的批评，引起天主教的强烈仇视。因此，天主教在镇压英国的威克里夫派后，立即转向波希米亚，继续镇压胡司派信徒。
威克里夫与胡司对于‘信心’以及‘圣经’权威的确信，比路德马丁早了一百年。他们主张以圣经为独一的权威，以信心为得救的条件。这两个观点，衍生出后来的‘惟靠圣经’以及‘惟靠信心’论点，成为十六世纪宗教改革的主要内涵，也是主的恢复中真理的一项恢复。
在教会观方面，威克里夫明确的表示教会并非人为的组织，乃是基督的身体、基督的新妇，由一切蒙拣选的信徒所组成。胡司痛批天主教的陋习，但并未提出更进一步的教会定义。他认为教会的元首乃是基督，并非教皇，新约乃是教会的律法。胡司的另一项改革，就是让平民在弥撒中领圣杯。长久以来，天主教的弥撒规定，只有圣品阶级可以领圣杯；平民只能吃饼，并不能喝杯，因为笨拙的平民可能会将‘基督的血’溢出。因此，‘杯的改革’成了胡司运动的一个重要特征。
因着民族意识的需要，胡司的改革得到了波希米亚国王的支持。一四○九年，教皇约翰二十三世（John XXⅢ）派人到捷克贩卖赎罪券；胡司大胆的在大学辩论会上，揭露了赎罪券的骗局，激起了天主教的仇恨。一四一一年胡司被教廷开除，然而他继续以文字和言论，攻击教皇和教廷的腐败行为，甚至斥责教皇是出卖主的‘犹大’。
一四一四年，神圣罗马帝国皇帝西基斯门（Sigismund）为解决教会分裂、教皇纷争、以及异端等问题，特别示意教皇召开康士坦兹会议（Council of Constance）。当时的另外两位教皇为求安全，均仅派代表出席。胡司在皇帝允诺其安全，并发给人身保护文书后，应邀前往该会议。胡司在当地群众的欢呼下，抵达康士坦兹。然而，在会议中教皇不但不允许胡司发言，还将他逮捕下狱，不容许他为自己申辩。而会议的召集人，约翰二十三世自己，也因罪行众多，在该会议中被废黜。一四一五年，法庭宣判，胡司是传讲威克里夫和瓦勒度派的异端，应判处火刑。临刑前，胡司再次重申自己的信仰，并作了最后一次演讲。教廷为了怕胡司的尸体被人当作崇拜的圣物，将胡司的骨灰，连同火刑堆下的泥土，都撒入了莱茵河。
当胡司被处死的消息传回布拉格后，捷克人群情激愤，怨恨教皇的暴行，以及皇帝的失信，整个国家陷入暴乱。这些因民族主义而起义的捷克人，分成两个不同的派别。贵族们主要是在布拉格，他们夺取了布拉格的管治权，拟定了‘布拉格四项条款’。条款中要求传道和接受圣礼的自由，并要求捷克宗教独立。另一派以农民和劳动者为主，从南方的塔波尔（Tabor）开始起义。
一四一九年，农民革命爆发，贵族与平民联手成军，波希米亚国王惊吓而死。起义军的领袖是杰士卡（John Zizka），他采用‘战车堡垒’战术，多次打退敌人攻击。杰士卡死后，起义军继续战斗，曾攻至德国境内。在一片胜利声中，起义军内部分裂成了三派。第一派为主张妥协的贵族，他们因着取得城市管理权的目的已经达到，因此希望尽快结束战争。一四三三年，德意志封建与这些贵族在布拉格签署协定，根据这个协定，宗教会议承认捷克的平信徒可以领用圣杯，贵族亦可保有已经取得的财产。第二派为继续主战的塔波尔派，他们因着贵族的背叛，伤亡甚重，部分转往地下，继续进行民族主义的反抗运动。第三派既不采取武力抗争，也不与天主教妥协。他们宁愿效法瓦勒度派信徒的榜样，为信仰与见证受苦，他们开始独立聚集，成了波希米亚弟兄会（Bohemian Brethren）。
十六世纪初期，欧洲的政治、经济及学术思想均力图思变，此一变动诚然酝酿改教运动生发的契机；而圣经权威的日益提高，与回归新约初期召会生活的渴望，于此时更是推波助澜，使欧洲遍处之改教运动风起云涌。路德马丁更力破当代宗教社会之无稽迷信，回归圣经纯正信仰，带给信徒及召会深远的冲击与影响力。
路德马丁（Martin Luther，一四八三至一五四六年）生于德意志萨克森（Saxony）的艾斯勒本（Eisleben），父亲原为一名矿工。路德年轻时看见乡民对宗教的迷信，使他印象深刻。路德曾在麦丁堡（Magdeburg）共同弟兄会的学校求学，后被送往埃森纳（Eisenach）修习高级拉丁文。一五○二年，路德从尔弗特（Erfurt）大学毕业，原本打算照着父亲的意思继续攻读法律，却因一连串突发的事件，改变了他的方向。一五○五年，他在行近史托顿轩（Stotternheim）时，险些被闪电击中，他在危急之余向父亲的守护圣人安妮（St. Anne）发愿，只要大难不死，就愿意成为一名修士。两周后，在父亲严厉的反对下，路德加入了当时修院团体中，最严谨清贫的奥古斯丁修道会。然而孩童时代的迷信，加上对炼狱的恐惧，路德的修道生活一直挣扎在苦修与赎罪之中，盼望得到神的赦免。一五一○至一五一一年间，路德探访罗马，企图从这个宗教的中心得着真正的平安，然而神职人员的奢华与腐败，让他更加失望。他返回德国后，在恩师施道比次（Johann von Staupitz）的介绍下，前往威登堡（Wittenberg）大学任教，并继续攻读神学博士。
一五一二至一五一六年间，路德开始讲授诗篇、罗马书、加拉太书等圣经书卷。一日，他在房间里研读罗马书，神的话突然向他发出亮光：‘义人必因信得生。’（一18，和合本。）路德自述：‘从此，我觉得自己获得新生，…整本圣经以全新的面貌向我展开，我浏览圣经，到处都有类似的话语。’路德发现，人的得救并非倚靠行为，乃是借着信神的话，并信基督为我们所成就的一切。路德观点的来源，除了出自圣经本身外，也受到共同弟兄会和恩师施道比次的影响。他们的著作及教导，使路德从对神律法的外在恐惧，转到对其恩典的主观经历，而发展出了‘惟靠圣经’（sola scriptura）、‘惟靠信心’（sola fide）这两个宗教改革的主要观点。
路德在威登堡选侯智者腓德烈（Frederick the Wise）的保护下，长期于此定居、讲学。一五一七年，路德与天主教的冲突爆发。为了反对帖次勒（Tetzel）在威登堡贩售赎罪券敛财的无耻行径，路德将《九十五条》钉在威登堡教堂的大门上，邀请各界在赎罪券的买卖、教皇赦罪的权柄、以及教会的宝库等三个议题上，进行公开的辩论。此举因着印刷术的便利，震撼了整个欧洲，教皇的权威与教会的财源，受到了严重的打击。一五一八年，路德与红衣主教迦耶坦（Cajetan）在奥格斯堡（Augsburg）进行会谈；次年，路德与厄克（Johann Eck）在来比锡（Leipzig）进行辩论；路德一再拒绝让步，只不断重申圣经的权威。一五二○年，路德积极投入文字工作，出版了《致德意志贵族公开书》、《教会被掳巴比伦》、《基督徒的自由》、以及上百本的德文小册。这些小册在欧洲受到广泛欢迎，激起了教皇的愤怒。教皇下诏要路德于六十日之内悔改，路德却将这分诏令公开烧毁。隔年一月，教廷正式颁谕，开除路德马丁的教籍。路德与天主教至此正式决裂。
一五二一年，在教皇的催促下，新皇查理五世在沃木斯召开会议（Diet of Worms），要求路德出席说明。路德在皇帝和议会的面前重申圣经的权威。他说，‘除非是圣经或真理说服我－我不接纳教皇和议会的权威，因为他们常常自相矛盾－我的良心是神话语的俘虏。我不能，也不会改变任何信念。…这是我的立场，求神帮助我。’路德在返家的途中，被朋友以假绑架的方式掳走，藏在瓦特堡（Wartburg）的城堡里。会议结束后的一个月，皇帝立即宣布路德是冥顽不灵的异端分子，下令捉拿并禁止其刊物的发行。
路德在瓦特堡健康不佳，将所有精力投注于写作上。九个月内，他写下了十二本书，并将整本新约圣经翻译成德文，使圣经对德国人民的生活产生重大的影响。然而在威登堡那里，路德的消失使得改革运动陷入了混乱。一五二一年，路德的同事迦勒斯大（Andreas Carlstadt）在城堡中举行圣餐，将告解和神父装束废除，把饼和酒分给平信徒，并领导政府没收教会财产，攻击会堂中的图像。同年底，慈韦考（Zwickau）的先知们来到威登堡，传讲末日信息，使情势更加混乱。一五二二年，路德在威登堡政府的邀请下，回来主持大局。因着路德的复出，迦勒斯大遭罢黜而离开，路德再度成为改革运动的领导核心。其同事墨兰顿（Philip Melanchthon），为一优秀的人文主义学者，始终忠于路德的改革，后成了其得力助手，承继了路德的改革精神。
尽管路德马丁为主所用，结束了长达一千年的黑暗时期。然而他的为人和其改革运动一样有其缺陷，且留下争议。路德马丁曾形容自己‘粗野、狂暴、激烈、好战’，他晚年在威登堡时，禀性不稳，喜欢攻击别人，常徘徊于谦虚与勇猛之间。路德虽提出‘因信称义’、‘惟靠圣经’这两大宗教改革的柱石，但他也曾为‘圣母马利亚颂’作注，称马利亚为基督之母，并承认圣母和圣人代祷的功效。
在路德与慈运理的圣餐之争上，也见出其刚愎、不认输的性格。据说路德与慈运理会面时，慈运理要与路德握手，路德却不肯伸手相握。在双方无法就圣餐意义达成共识时，路德拒绝协调，在桌上留下了‘这是我的身体’这处经文后，便愤而离席。使得改革宗的圣餐仪式，并未完全脱离罗马天主教的影响。此外，在逼迫重浸派信徒的事上，路德也与向来敌对的天主教联手。当时有句通俗的谚语说，‘那些要受浸的，就让他们浸死。’结果许多重浸派领袖都被投入河中惨遭浸毙。
一五四○年，向来支持路德，并为其协调与慈运理圣餐之争的黑森亲王腓力（Phillip of Hesse）重婚，引起德国改教的风波。此事遭到公开反对，然而路德却因其与腓力的私交，私下赞同他的重婚之举。由此可见，神所使用的仆人，亦有其人性的软弱。尽管神总是越过人的软弱来使用人，但这些个人的难处，至终却成了工作上的难处，也成了神在其身上继续往前的限制。
慈运理（Ulrich Zwingli, 一四八四至一五三一年）生于瑞士的威德赫斯（Wildhaus）。少年时在巴塞尔（Basel）和伯恩（Bern）接受教育，开始修习古典语文。尔后慈运理进入维也纳和巴塞尔大学就读。在导师威顿巴赫的影响下，慈运理认识了赎罪券制度的错误，也借此知道信心的重要。一五一七年（路德马丁将宣言钉于威登堡教堂门口的同年），慈运理出任爱西德恩（Einsiedeln）的神父一职，并在那里深深体会到中世纪天主教的迷信。一五一九年，慈运理到了苏黎世，遭遇到严重的瘟疫，他向神承诺，如果神拯救他，就必奉献一生为祂工作。
一五二○年，慈运理为了宣扬理念的自由，放弃了教廷的津贴。他高举圣经的权威，并促请政府给予神父直接依据圣经讲道的自由。他开始逐字研读圣经中的每一卷书，并于一五二五年，将整本新约讲解完毕。因着慈运理在讲道中，强烈指摘天主教节期的禁食规条，引起了康士坦兹主教的不满。但是苏黎世议会却支持慈运理，以一切宗教习俗都必须根据神纯正的话语为由，取回康士坦兹主教的权利。此举成了苏黎世的宗教改革的导火线，也引发了多次的公开辩论。一五二三年，第一次的公开辩论在苏黎世的市政厅内举行。慈运理发表了《六十七条》，以圣经的权威取代教会传统的权威，并且攻击教皇制度、圣徒崇拜、弥撒、朝圣、教士独身制、赎罪券、苦行、以及炼狱等种种实行。在这次辩论中，慈运理大获全胜，并在邦议会的支持下，开始全面性的改革。同年十月的第二次公开辩论中，慈运理攻击天主教弥撒仪式，并率众清除教堂中一切的陈设与装饰。
慈运理在苏黎世改革之顺利，实有赖于瑞士的邦郡制度。因着各邦政治上的独立，议会有十足的权力决定是否接受改革。不久，慈运理亲自前往伯恩，并差遣他的同工前往巴塞尔和斯特拉斯堡（Strassburg）等其他瑞士德语邦，推展他的改教运动。
一五二九年，几乎瑞士山谷的邦郡，都加入了慈运理的改教阵营，与当时仍信奉罗马天主教的邦郡间冲突频繁，大有开战之势。尽管双方曾试图谈判和解，然而战事还是于一五三一年爆发。天主教的邦郡联盟迅速取得了胜利，而慈运理本人也在随军出征的途中死于卡培尔城（Kappel）。瑞士的改教运动，至此暂时告一段落。随着喀尔文运动的兴起，慈运理运动也就渐渐被并入了此一更大、更具影响力的改革运动。
慈运理对路德著作十分熟稔，他的许多早期论述，随处可见路德的影子。不过他本人却不承认自己是路德教义的产物。尽管两人在圣经权威与因信称义方面，有某种程度的相似；但是却在‘圣餐’的教义上，一直无法达成共识，为此，黑森亲王腓力特地为两人在马尔堡举行了一场公开辩论。两人对于路德所起草的《马尔堡条文》（Marburg Article）中的圣餐教义，一直无法达成共识。慈运理认为，圣餐仅乃记念主的仪式，饼和酒只是一种象征，并不是实质的成为主的身体和主的血。然而路德马丁发表‘共在论’（consubstantiation），认为在圣餐时主的身体和主的血确实与饼和酒同在。双方各持己见，最后路德拂袖而去，双方谈判正式破裂。
当慈运理在瑞士改革初期，两位曾与他十分亲近的同工－格列伯（Conrad Grebel）和曼斯（Felix Manz），认为慈运理的改革不够彻底，频频催促他加速回复新约教会的模式，尤其是废除婴儿洗礼一事。然而，慈运理受限于政治考量，不肯激进，使得这班早期的支持者，开始对他作出严厉的批评。这一班人在历史上称为重浸派（Anabaptists，他们本身并不接受这个名称），他们反对婴儿洗礼，并为真正悔改的成年人重新施行浸礼。慈运理起初对他们相当同情和谅解，但渐渐不能忍耐他们激进的言论及行动。因着重浸派强烈反对教会与政治联合，使得向来依靠政治势力的慈运理极为不满，加入了打击重浸派信徒的行列。一五二○至一五三○年间，数千位重浸派信徒被杀，天主教与改革宗在此事上竟意外成了同一阵营。
瑞士最早的历史，可追溯至主后一二九○年，由三个德语邦所组成的永恒联盟。由于瑞士的地理具有重要的战略及经济地位，因此附近的城邦纷纷加盟，以共抵外来侵略。十六世纪初，瑞士从原先位在阿尔卑斯山区的德语邦，向西扩展至法语区，共计有十三个邦郡。这些邦郡各自独立、自治，因此瑞士的改教运动与邻近法、德各国的方式截然不同。
日内瓦位于瑞士的西南角，紧邻南法与北义大利。主后一五三三年，日内瓦脱离萨伏依（Savoy）王朝的统治，独立成为一个城邦国家。因着慈运理在瑞士的改教运动，造成了信奉传统天主教的邦郡，以及改教邦郡之间的紧张情势。日内瓦基于政治上的考量，在一五三六年宣布加入改教行列，是年，喀尔文约翰（John Calvin）也在法尔勒（William Farel）的邀请下，来到日内瓦，致力于福音派的改革。
当路德马丁在德国地区进行改革时，另一个改教运动同一时期在瑞士发生。其中最著名的两位领袖为慈运理与喀尔文。慈运理生于瑞士，深受奥古斯丁作品的影响，并熟悉路德的著作。他赞同路德对于圣经权威以及信心的肯定，却在‘共在论’上与路德意见分歧。其主要的影响力在瑞士的德语区，以苏黎世为其中心。
喀尔文一五○九年生于法国的诺扬（Noyon），曾于巴黎大学攻读神学。一五三六年，喀尔文到了日内瓦，开始他一系列有计划的改革，并完成了改革宗最完整的教义著作－《基督教要义》（Institutes of the Christian Religion）。从一五四一年至他离世的二十三年内，喀尔文以政教合一的方式，全面指导日内瓦的社会和宗教事务。不仅使日内瓦成了法国改革派的避难所，喀尔文主义也全面影响了法国、荷兰、和苏格兰等地的宗教改革。
喀尔文原本并无意脱离罗马天主教。然而，他因着意外涉入好友柯布（Nicholas Cop）的改革运动而被通缉。此后，喀尔文自觉需与罗马天主教脱离关系，与改革人士同一阵线。一五三六年，二十六岁的喀尔文出版了一本极具影响力的神学著作《基督教要义》，清楚表明改革宗的信仰。该书出版后不久，喀尔文便应法尔勒之邀移居日内瓦。一五三七年，喀尔文向日内瓦议会进呈一系列鼓吹改革的文件，以期打造他心目中的理想社会。然而因着在圣餐实行上的争执，喀尔文和法尔勒遭议会驱逐出境。一五四○年的选举中，反对喀尔文的党派倒台，喀尔文重回日内瓦，根据之前所提出的条文基础，制定了教会法规（Ecclesiastical Ordinances），强制人民接受宗教教育。其次，他设立了宗教法庭（Consistory of pastors and elders），以十二位品行优良的长老组成，以创造一个合乎圣经教训的模范社会。
然而，喀尔文在日内瓦的改革也不是毫无阻碍。一位西班牙的激进改教者塞尔维特（Michael Servetus），就时常反对喀尔文的教义。他发表了‘论三位一体教义的错误’，否认三位一体的教训。一五三三年，塞尔维特完成一部钜着《再思基督教要义》，全面驳斥喀尔文的《基督教要义》。在喀尔文的催迫下，塞尔维特被捕。日内瓦议会将他裁定为异端，下令将他烧死。虽然喀尔文代为求情，希望以较仁慈的方式处决，但塞尔维特至终还是于一五五三年，被缚在柱上烧死。处死塞尔维特的举动，给反对者一个大肆抨击的理由，也为喀尔文的一生蒙上污点。
一五五○到一五六四年这段期间，喀尔文偏重于圣经释义的写作上，他对圣经熟识，以及对经文属灵意义的贯通，使其解经作品具有相当的价值。一五四九年，慈运理的信徒在布灵尔（Heinrich Bullinger，一五○四至一五七五年）的领导下，与喀尔文派联合。
当慈运理在瑞士推行改革时，遇到了一个十分棘手的问题，就是婴儿洗礼的问题。当时慈运理的两位同工－格列伯与曼斯，十分反对长期以来所实行的婴儿洗礼。他们认为，圣经中并没有婴儿洗礼的教训，一个人必须在心智成熟的情形下，自愿受浸，才能为他施行浸礼。他们向慈运理表达他们的意见，希望慈运理能够敦促议会，废除婴儿受洗的习惯。然而，议会中有许多议员，都是婴儿时期受洗的，一旦新令颁布，他们马上就会被逐出教会。在现实政治的考量之下，慈运理迟迟不敢行动，引起格列伯等人的不满。一五二五年，苏黎世议会举行关于婴儿洗礼的公开辩论。议会不仅决定保留婴儿洗礼，还通令所有的父母，都必须在婴儿出生八日内完成洗礼，否则就逐出教会。并且，格列伯与曼斯等人私下的研经聚会，也遭到议会勒令停止。命令公布当晚，格列伯与曼斯等人聚集在一起相讨对策。在祷告中，一位名叫布洛克（Blaurock）的弟兄受圣灵感动，跪在地上祷告，要求格列伯立即为他施浸。格列伯应允了，并正式为他施浸。由于他们施行成人浸礼，因此被外人称为‘重浸派’。
‘重浸派’其实是当时的人们嘲讽他们的谑称，他们自己并不以此为名。事实上，他们并不认为自己是‘重浸’，因为婴儿洗礼并无效力，因此，成人的浸礼才是第一次的浸礼。他们自称为‘委身的一群’，主张回复到初期的教会模式，废除一切的图像，力求简单朴素。他们专心研读圣经，尤其新约，不关心所谓的信经与教会组织。他们反对路德和慈运理所主张的政教联合，也反对形式化的组织与圣品阶级。信徒和信徒之间，只有恩赐与职事的分别。教牧的责任是研读圣经、督责信徒、带领聚会、关心信徒属灵的状况等。在浸礼方面，惟有真心悔改，愿向主而活的人，才能受浸。在圣餐方面，他们认为擘饼是为了记念主的死，也是弟兄姊妹一起享受的爱筵。因此，他们多在家中擘饼，一面享受家的温馨，一面避免仪式所带来的迷信。此外，他们相信基督的再来，重视基督的托付，格外积极传扬福音。
因着十六世纪政教合一的情形十分普遍，因此，许多执政者与宗教领袖，都对这班反对教会与政治联合的重浸派信徒十分敌视。他们迅速成为天主教与新教的共同敌人，被视为一班反传统、反秩序的异端。一五二五年，格列伯、曼斯、以及其他二十位重浸派的信徒遭到逮捕。格列伯侥幸从狱中逃脱，后却因瘟疫而死亡。曼斯则在主后一五二七年，被推入利马河（River Limmat）淹死。布洛克逃出了苏黎世后，四处传道，后来也在一五二九年被天主教逮捕，处以火刑。
一五二四至一五二五年，德国地区爆发农民革命，许多人将矛头指向重浸派。慈运理派、路德派、喀尔文派、以及天主教，联手起来欲将重浸派从欧洲大陆完全铲除。重浸派信徒遭受各样残忍的逼迫：监禁、罚款、淹毙、烧死、折磨…等，只要是当日一切违犯‘政府教会’的罪，如：不缴纳什一捐献、不聚会、不参加家庭查经、不肯传道等，都加在重浸派信徒的身上。一五二九年，在施派尔（Speyer）会议中，天主教与路德派达成共识，同意处死神圣罗马帝国境内一切的重浸派信徒。短短数年内，数千位重浸派信徒，在世俗政权与教会联手的逼迫之下殉难。
十六世纪的重浸派，几乎遭到当时整个欧洲政治、以及基督教主流－慈运理、路德、喀尔文各派的一致声伐。除了政教联合、婴儿洗礼等争议外，还有一个主要的原因，就是少数重浸派信徒，落入了改革的极端。因着这些少数激进分子所造成的社会事件，使得重浸派在历史上蒙受了异端之名。这些激进的人和团体有引起农民革命的闵次尔（Thomas Munzer）、慈韦考（Zwickau）的先知们、贺夫曼千禧年派（Hoffmannites）、以及马提（Jan Matthys）的闵斯特王国等。
闵次尔醉心于社会运动，宣称自己有圣灵引领，企图建立一个神治团体。他煽动暴乱、驱赶新教与天主教徒、破坏教会财物，令欧洲人对重浸派留下了极恶劣的印象。贺夫曼原为路德派信徒，因着不同意路德派的圣餐教义，被逐往丹麦。然而他却转往法国，加入重浸派行列，并开始提倡他的末世思想。他相信自己是神所拣选的领袖，一切反对他的人都会灭亡，并预言基督会在一五三三年降临斯特拉斯堡。贺夫曼的忠心信徒马提，曾自称先知以诺。一五三三年，贺夫曼的预言并没有实现，马提非但不以为意，还宣布贺夫曼预言错误，真正的新耶路撒冷，不在斯特拉斯堡，而是在荷兰的闵斯特。马提率众以武力攻取闵斯特，企图建立一个圣徒王国，却遭到路德与天主教的反制。闵斯特事件使得重浸派在政府、社会、道德、及宗教各方面，均留下了恶名。
上述这些激进人士，并不能代表所有的重浸派信徒。大部分的重浸派信徒，仍持守早期的改革精神，这些能够真正代表重浸派的团体为：瑞士弟兄会（Swiss Brethren）、摩尔维亚的胡特尔弟兄会（Hutterites）、以及门诺会（Mennonites）与阿米许派（Amish）。
瑞士弟兄会，乃是指那一班在苏黎世跟随格列伯与曼斯的人。他们是最早的重浸派，主张成人浸礼与简朴圣餐，承继了此派真正原有的改革的精神。
胡特尔（Jakob Hutter）在奥士柏斯（Auspitz）建立了一个名叫布德霍非（Bruderhofe）的小社区，实行凡物公用。后来有许多重浸派信徒，纷纷来此躲避逼迫，在摩尔维亚建立了许多‘弟兄之家’，因此被称为‘摩尔维亚的胡特尔弟兄会’。胡特尔于一五三六年，被缚在柱上烧死而殉道。
另一个重浸派的分支为门诺会。门诺（Menno Simons）原为一个天主教神父，一五三○年脱离罗马天主教，后加入重浸派，主要活动范围在荷兰、德国北部一带。门诺的观点与瑞士弟兄会类似，反对婴儿洗礼，以及教会参与政治事务。他们不服兵役，拒绝宣誓，也不任职于政府部门。
十六世纪末，门诺会发生严重的分裂，保守的阿曼（Jakob Amman）与其跟随者，自成一个极为严谨的教派，称为阿米许派。他们衣着一致，不修剪胡须，遗世而独居。即使是现在的阿米许派信徒，都还维持着中世纪农庄的生活方式，不使用任何电器用品，不照相，并且以马车代替汽车。他们持守敬虔的外衣，却失去了属灵的实际。
十六世纪的重浸派，遭受许多的逼迫，却为欧洲基督教，如后来的英国独立教会、浸信会、贵格会等，留下不可磨灭的影响。