初期教会发源于耶路撒冷，随着福音的传扬而向外扩展；教会在各地兴起，但都是在平行同等的地位上，没有上下、统属的关系。在众教会中，罗马教会逐渐崛起而凌驾众教会之上，是有种种原因。使徒彼得和保罗都到过罗马，据说二人均在罗马殉道，这使罗马教会的影响力大大提高。就客观环境说，罗马为当时西方政治、文化及经济中心，因此影响力最为雄厚。第二世纪末，基督教在小亚细亚及巴勒斯坦一带的势力逐渐衰微，相对的，罗马教会的势力却日渐膨胀。此外，罗马教会成功的抵抗异端，也大大的增强了它的领导地位；另一方面罗马教会富有赀财，极为重视救贫恤灾之事，它的慷慨好施更提高了它的声望。所以当时各地教会虽然没有尊奉罗马为教会之首，但罗马却往往以权威自居。
四世纪初，康士坦丁大帝统一了罗马帝国，对教会有种种扶植的措施。先是在主后三一九年，他即颁布法令，免除教牧人员的纳税义务；后又于三二一年立法，赋予教会接受遗产的权利。但康士坦丁对罗马教会最重要的影响，是在主后三三○年，将国都东迁至位于地中海与黑海通道上的新罗马（Nova Roma）－康士坦丁堡。
到了主后三九五年，狄奥多西在临终前，以多瑙河、亚德里亚海为界，将领土分为东、西两部分，东面以康士坦丁堡为都，史称东罗马帝国；西面以罗马为都，史称西罗马帝国。东罗马帝国由君王主政，大幅提升主教地位，使之与罗马主教抗衡，势力在拜占庭时代达到颠峰。西罗马帝国则是以拉丁文为主，在政治混乱、蛮族入侵的情况下，罗马主教成了人民精神与实质上的政治领袖，且演变成为教皇。
主后四五二年，匈奴王侵入义大利；四五五年，日耳曼汪达尔族（Vandals）进攻罗马，据说都是在教皇大利奥一世（Leo I）的恳劝下收兵。四七六年，东哥德族（Ostrogoths）奥多亚克（Odoacer）篡位，结束了西罗马帝国。其后，数个异族王国，如西哥德（Visigoths）（四一五至七一一年）、东哥德（四九三至五五四年）、布更迪（Burgundian）（四四三至五四三年）、法兰克（五八六至七七四年）、伦巴底（Longobardus）（五八六至七七四年）等纷纷建立。此时的义大利，因着异族的入侵与当政皇族的懦弱，罗马主教成了保护人民的领袖。
主后五九○年，大贵格利（Gregory the Great）出任教皇，他不仅整顿罗马的公共事务，并且组织军队驱逐伦巴底人。在蛮族进侵的年代，教会显为缓冲侵略的主要力量，同时更发挥积极的影响，使蛮族改变信仰，归入基督。因此，罗马教廷逐渐成为义大利最强大、最有力的权力机构。大贵格利的时期，标示了罗马已从古代的王国，过渡至中世纪罗马天主教一统基督徒的时代。大贵格利不仅是罗马教会最后一位主教，也是中古世纪第一位教皇。
我们可以看见，罗马教会的地位与教皇的势力，二者协同，日渐增长。就着客观环境而言，教会既然在政治上拥有权力，便逐渐感觉本身需要一种类似国家的组织，以加强行政效能。其次，教会为防止异端的侵害，和因教义上的争执而引起的分裂，就需要有一位最高权威来维护教会的信仰。罗马教会强调‘使徒统绪’，逐渐形成教皇权力理论；最后的形式，可说是由大利奥所制定，以彼得为基督在世的代表，教皇则是彼得的直接继承人，为众使徒之首。所以自大贵格利时代开始，罗马即差派教士至西欧、北欧各地设立教会，各地主教均直接向教皇负责，接受教皇的命令；这些都大大的加强了教皇的势力。
在三世纪末、四世纪初，因着教会渐趋世俗化，即有一班人开始主张离世隐居，过圣洁、禁欲的修道生活。四世纪初，当康士坦丁统一帝国并归入基督教后，许多趋炎附势的人都加入教会，导致教会充满世界搀杂。而当时对神的敬拜，也日趋仪式化，更促使许多信徒从其中出来，追求个人亲近神的属灵生活，而离世隐居。
初期教会最著名的修道者是安多纽（Anthony），他生在埃及中部的科马（Koma），约在主后二八五年开始隐居生活，许多人受他脱俗生活所吸引，纷纷跟随他的脚踪。之后，帕科缪（Pachomisus）进一步改善修道生活，于三一五至三二○年间，在埃及南部创立了第一所修道院。至于对修道主义影响最钜的，可说是本笃（Benedict of Nursia），约生于主后四八○年，据传于五二九年创立了欧洲最著名的卡西诺山（Cassino）修院及本笃会规，修士在修院过一种团体严谨的清修生活。直至十一世纪，所有的修院都采用此规条。
康士坦丁以后，罗马天主教渐趋成形；大贵格利自出任教皇以来，带职终身，成为中世纪教皇制度之始。教皇（Pope）原是‘父亲’的意思。罗马天主教以马太十六章十八节为依据，将彼得尊封为圣经中的第一位教皇。以后又订定‘教皇上谕’与‘教皇无误论’，使教皇的言论提高至与圣经的权威同等，并赋与教皇赦罪的权柄。中古世纪教皇制度严重腐败，不仅在教义上因邪恶的异教实行而发酵，在道德上更是败落至极。
中世纪教会历史中，有许多位教皇都犯了奸淫，除了有少部分教皇受人尊敬以外，大多数的教皇都涉及令人难以置信的罪恶。其中贿赂圣职、夺权暗杀、烧毁圣经、屠杀圣徒等事件，亦层出不穷。部分史学家称此时期为‘淫妇专政’（pornocracy）。在九至十世纪，教皇的选立更落在义大利几个大家族的操纵之中，以致教皇职位为某些家族所世袭，最终演变成职位买卖，甚至闹出同一时期产生三位教皇之事，使教皇声望一落千丈。
另外，他们也混杂搀入许多巴比伦异教的偶像崇拜。罗马天主教崇拜‘母与子’，就是马利亚与耶稣。表面上他们是崇拜至高之父、圣母以及圣子；实际上，只有‘母与子’才是他们真正崇拜的对象。这种教训是从堕落的天使和鬼魔来的，目的是要用这教训管辖世界，叫人离弃信仰，去注意迷惑人的教训。（提前四1。）正如启示录所说，‘万国都喝醉了她淫乱烈怒的酒；地上的君王向来与她行淫，地上的商人因她奢华过度都发了财。’（十八3。）除了母与子的偶像崇拜之外，尚有许多的奥秘。比如死后入炼狱以求层层洗罪；又如守无数之圣礼以得救恩。
崇拜童女马利亚始自主后三八一年，他们拜马利亚为天上的天后。到第四世纪末，这种拜偶像的作法更为普遍，甚至超过了对耶稣基督的敬拜。许多外邦的庙宇都被恢复，并且大加修饰。拜偶像的典礼也都重新设立，将其中女性偶像的名字改为马利亚。在罗马城内称为基督教的教堂里，人们所膜拜的其实是巴比伦教的天后，可以说，天后完全霸占了主耶稣的地位。
十一世纪教会衰落，买卖圣职、放纵情欲的情形随处可见。有鉴于此，教皇利奥九世（Leo Ⅸ，一○四九至一○五四年在位）开始推动多项改革，期望恢复早期基督教的圣洁。贵格利七世（Gregory VII，一○七三至一○八五年在位）上任，更推动全面改革。他严谨取缔圣职买卖，坚守教士独身制，以及确立教皇无上之权利，此举称为‘贵格利大改革’。罗马教廷在其重整下，威信曾经一度提升。
其中值得一题的乃是历史上著名的卡诺莎堡（Canossa）事件。一○七五年，教皇贵格利七世命令亨利四世（Henry Ⅳ），放弃任命德国境内各教会主教的权利，而引发了一场‘授职权’之争。教皇以‘天授神权’之说，在贵族的支持下，开除了亨利四世的教籍，并废黜了他的王位。一○七七年，亨利四世来到卡诺莎城堡，在雪地里赤脚叩门求赦，向教皇悔罪认错，并重新取得教籍。此历史事件说明，君王的权力完全在教皇掌控之下。然而，这位受到奇耻大辱的皇帝回去之后，重新振作，打败敌对的势力，攻回罗马，使贵格利七世落荒而逃，最后死于途中。
在十二世纪时，由于教廷一直与政权处于争斗状态，借着几位杰出教皇的领导，教廷的权力日渐高升。比如，教皇依诺森二世（Innocent Ⅱ）成功对抗神圣罗马帝国的皇帝，而欧革纽三世（Eugenius Ⅲ）更是进一步要求皇帝臣服于教皇权力之下。其后继位的亚历山大三世（Alexander Ⅲ），更是强硬的使英王亨利二世（Henry Ⅱ）不得不听命于他。教皇的权力在依诺森三世（Innocent Ⅲ，一一九八年至一二一六年在位）时，达到了高峰。他不仅是年幼皇帝的监护人，也是整个欧洲，包括西班牙、挪威和英国的实际统治者。在其任内，不仅使皇帝沦为藩属，也设立了宗教裁判所，组织第四次的十字军东征，夺取拜占庭教会的控制权，并举行第四次拉特朗会议（Lateran Council IV），成为一位兼具属灵与世俗事务无上权威的教皇。
此时，除了教廷本身的改革，在修道院方面也带动许多的改革风潮。十世纪时，克吕尼（Cluny）修道院带动的修道院改革运动影响极大。所以，十一世纪贵格利七世推行的全面改革，以及十至十二世纪期间所有的改革，都可以称为克吕尼改革运动。克吕尼运动所要达成的目标，乃是回复本笃修道团严格的规矩，培育个人属灵生活，减轻修士的劳动量，发展崇拜的仪式，建立有效的经济组织，并摆脱世俗的控制。
这时期，也有一班人主张走出修道院，四处游行传道。他们因身无赀财，需要靠百姓赈济，因此又称为募缘会士（Mendicant Orders）。这类游行传道的苦行僧中，最著名的为‘方济会士’（Francisans）、‘道明会士’（Dominicans）、‘圣衣会’（Carmelites）、与‘奥古斯丁团’（Augustinian Orders）。路德马丁就是奥古斯丁团的修士。这些修道团均需过一种清贫和顺服的生活，重视慈善工作与祷告，并有严格的团体生活规则，成为中世纪改革之先驱。修道运动中，包括了注重隐居的修院，以及四处游行的募缘会士修道团。
以下介绍几个著名的修道团体：本笃会有‘西方修道主义的族长’之称，修造了十二间修道院，建立‘圣本笃准则’（Rule of St. Benedict），以改革修道运动。他们的修道生活较中庸，在黑暗时代对异族传递文化，有很好的果效。克吕尼会是在主后九○九年创立，争取不受任何地方领主和主教的控制，直接由罗马教廷保护。他们有能力从事各种社会的改革，所以许多修道院都根据这种模式建立，或彼此联合。因着他们比较富裕，并与社会有友善的关系，因此，他们中间有些人，便主张寻求一种更为朴素和原始的生活方式。
西笃会（Cistercians）是对克吕尼修道主义的一种反应，是最著名的苦修团，着重先知精神过于权力；他们认为工作就是祷告，因此强调劳力过于学术，甚至成为农业发展的先驱者。西笃会在十二世纪末，共有五百三十所修道院成立；之后的一百年内，陆续有一百五十所成立。最有名的修道士是伯纳德（Bernard of Clairvaux），他是中世纪奥秘主义的代表者，熟悉圣经，自律甚严，品行道德崇高，爱心热切，嫉恶如仇，被视为‘欧洲的良心’。主后一一四四年，因着新回教势力兴起，伯纳德受其门生教皇欧革纽三世之托，以保护圣地为由，号召十字军。这次东征，后来却因为法、德两王不合，无功而返。十字军失败后，民众竞相指责伯纳德。伯氏以旧约摩西为例，将失败归咎于十字军的咨意纵欲和希腊人的背约，并进一步的题议要对付康士坦丁堡，此题议促成日后第四次的十字军出征。
募缘会士修道团中，最著名的有两派：一派是方济会，另一派是道明会。方济会系方济（Francis Xavier， 即法兰西斯）于一二○九年，在亚西西（Assisi）成立的小型乞僧团。他们遵循马太十章七至九节的教训，出外传讲福音，并且订定类似使徒清贫生活的简单规律；其中以绝对清贫、不拥有财产、非经主教允许不私自传教、不涉入神学问题的争辩、‘与仇敌和好’的观念等，最为世人称颂。由于方济会对教皇完全顺服，得到教皇的肯定，日后且成为教皇权威的重要支柱。
方济本人于主后一一八二年生在义大利中部村镇，早年贪爱世界，生活浮华。后来他得着启示，立定心志照着主耶稣的脚踪行，在生活上效法主。方济会的基本法则是舍己、变卖家产赒济穷人、效法主的门徒宣扬福音。方济本人自称与贫穷结婚；他爱穷人，强调‘如果不珍爱基督为他死的人，就不是基督的朋友’。曾有一段时间，方济会人数急遽增加，总数超过五千。他自己则时常出去游行布道，行经义大利，又达到埃及和叙利亚。方济所受教育不多，仅略通拉丁文；他最显著的见证是努力传扬福音，不怕苦，不积财。他认为爱邻舍，作善工，比研究学问更要紧。方济会后来也讲神学，改组以后的方济会，逐渐着重学术；后来亦有几位英国杰出的哲学家，是出于方济会。
道明会（Dominicans）为另一个著名的募缘会士修道团，创始人为西班牙人道明，主旨乃为捍卫信仰并挽回异端亚尔比根派（Albigenses）信徒。他相信只有借着清贫和简朴的生活，建立一种更简单，并与初期教会使徒相类似的体制，才能与一群苦修的异端信徒接触，改变他们的信仰。于是他召聚有志追求知识学问、向异教异端传福音者，一起来传福音；此举成为教会宗教裁判所的先锋。因着他的目标，所以在大学的教育中受到肯定，在学术上享有声誉。主后一二三三年，教皇贵格利九世（Gregory Ⅸ）命令道明会消灭亚尔比根派，致使亚尔比根派于十四世纪末完全绝迹。
除了以上所题的修道团体，还有一些小型的团体，如圣衣会（Carmelites）、奥古斯丁团（Augustinian order）、慈善武士团（Knights Hospitals）、圣殿武士团（Knights Templars）等。圣衣会在一一五四年于巴勒斯坦建立，着重极端苦修主义，守清贫、独居和素食。奥古斯丁团则是根据‘圣奥古斯丁规条’所办的修会，在规条的执行上较有弹性，许可奉行的人因应环境使用；改教运动的主要人物路德马丁，就是属于奥古斯丁团。慈善武士团据称原是在十一世纪末，为照顾病者，款待旅客与十字军，所组织的武士团，后来发展成为正规的军队。圣殿武士团是在主后一一一八年，为了保卫耶路撒冷，对抗回教徒而成立的武士修道团。他们的影响力极大，在各地建立多个堡垒，兼具修道院及骑兵队屯营处等双重用途。他们得到支持者大量的捐输，并且将所得的大量财富，储存于巴黎和伦敦的‘圣殿’中，因而建立了‘可靠银行家’的美誉。但他们于一三一二年被控为不道德、迷信、信奉异端，而遭受镇压。
十二、三世纪的教会，政治权力处于颠峰时期，特别是在教皇依诺森三世在位期间，教会的政治权力最为显著。依诺森三世对政治有积极贡献，为着改革当时教会的腐败现象，在罗马召开第四届拉特朗会议（Lateran Council IV），从事健全教会组织与神职人员生活的革新作法。
大多数教皇主要的改革，都是在政治危机上打转。但一般信徒的思想，却急迫于道德与精神的变革，因此，主张回归朴实的改革团体相继出现。他们就是瓦勒度派（Waldenses）和亚尔比根派（Albigenses）。
当中世纪的罗马天主教，正竭力扩张教皇权利，争夺政治势力，并聚敛财富的同时；法国西部与义大利北部的山区，出现了一个主张回归圣经，跟随使徒教训的清流团体－瓦勒度派。创始人瓦勒度（Waldo）是里昂公民，原为活跃于社交、商业、政治界的富商。主后一一七三至一一七六年，有了重大的改变。首先，他将圣经从拉丁文翻译成当地的方言。其次，他照着马可十章二十一节的话，变卖所有的家产，分给穷人，并在公众场合，四处传扬福音。瓦勒度的传扬吸引了一班跟随者，称为‘里昂的穷人’。他们游行传道，凡物公用，过着简朴的生活，通称瓦勒度派。此运动由法国南部延展到义大利、德国等莱茵河区，甚至西班牙、波希米亚与波兰。瓦勒度派在十三世纪时，曾经分裂为二：保守的一派回归到罗马教会，较前进的一派则继续坚持自己的主张。
瓦勒度派主张回归圣经，听从并领悟神的话，并以基督为信仰的独一中心。他们没有主教或教皇，拒绝一切人为的信条，并坚持平信徒有权利照着圣经传扬福音。他们拒绝起誓，也反对借贷收取利息，否定炼狱的教义、弥撒、和洗礼、擘饼以外的一切圣礼。他们不肯敬拜圣人、圣像和圣物，也不敬拜十字架；反对什一奉献、宗教裁判所、十字军和死刑等违反圣经的实行。他们过清贫的生活，在家中聚集，游行传道，教导圣经，竭力遵循圣经所启示之耶稣与使徒的榜样。他们相信，当教会跟随使徒的脚踪行时，便是忠于主的呼召。反之，当教会不愿弃绝属世的权势与财富，将变得属世，并失去教会的实际。他们并认为，教会的堕落始于第四世纪，罗马天主教与康士坦丁政权的联婚；圣职人员世俗化并奢淫的生活，亦违反了圣经所示使徒的生活。
瓦勒度派并未与罗马天主教为敌，亦无意自立门户。他们甚至认为，任何人觉得自己是教会之外的另一团体，或自认属灵而抵挡教会，乃是自取灭亡。然而，罗马天主教却对于平信徒（而非圣品阶级）传扬福音一事极为不满，他们认为只有承继使徒职分的圣职人员，才有权柄传扬福音，因此极欲除灭这个‘贫穷’、‘无学识’的‘异端’。
从十三世纪宗教裁判所的报告，即可一窥当时的教廷与政权对瓦勒度派的态度，认为他们是无知无识的人民，往各城、各家、甚至各会堂传扬错误的教训。里昂的主教曾劝说并禁止他们的行动，却不被接受，原因乃是神已经命令使徒向受造之物传扬福音，他们必须顺从神，过于顺从人。他们指出圣职人员的生活富有并松散，而被指控为藐视圣职人员；也被耻笑为是披戴着贫穷的戏衣和圣洁的面具，谎称是使徒的跟随者。
因着上述原因，瓦勒度信徒遭到了罗马天主教、争权的政客、强暴的士兵严重的迫害。其中最严重的一次，为一六五五年的瓦勒度大屠杀。谷勒本（L. P. Qualben）在其《教会历史》（A History of the Christian Church）一书中题到：‘瓦勒度派乃是胡司派和波希米亚弟兄会的开路先锋。’胡司约翰被更正教会视为宗教改革的先锋并正统之士；更正教史家也将瓦勒度派与更正教主流思想之一的喀尔文主义视同姊妹；然而十三世纪的罗马天主教会，却将瓦勒度派信仰定为异端，极力排斥。与瓦勒度同时的方济，也主张并实践贫穷，罗马教廷则称他为教会圣人。由此可见，对于瓦勒度派的好恶，更正教会与罗马天主教之间，见解相差颇大。瓦勒度派原先所抱持的福音理想实在无可厚非，后来却被罗马教廷定为异端，甚至因着政治因素的牵连，遭遇强烈迫害和大屠杀。然而，他们在逼迫下仍得以幸存，并在改教运动兴起后，纳入新教的一部分。瓦勒度派的忠信、清心，他们对于圣经的坚守，以及对使徒教训的紧紧跟随，实为中世纪教会黑暗历史中的一线曙光，也是日后宗教改革的先驱。
亚尔比根派，存在于主后一一四五至一二四四年间，又作迦他利派（Cathari）。因有许多迦他利信徒居住在法国亚尔比（Albi）而得此名。那是在法国南部的兰多克州，当地居民的风俗习惯，与北部相差甚大，与义大利很相似，并使用普洛凡斯语。他们与全欧洲的人不一样，不信奉罗马的基督教，而是另一种兴起于巴尔干半岛，较奇特的基督教。当时罗马天主教会萎靡腐败，招权纳贿，因此这种以纯朴无华为宗旨的基督教，很快的就在兰多克州流传起来。当地居民纷纷驱逐罗马教会的神职人员，夺取他们的修道院和教堂，改派自己的人接管。此派分布甚广，与罗马天主教敌对。他们认为真正的教会是永恒的，无须以高压手段来维持其存在。他们实行严谨的苦修主义，‘迦他利’一辞的意思，就是洁净，渴望以苦修来脱离灵魂之不洁。他们反对婚姻、生育、战争，拒绝接受十字架与圣礼，热心传扬福音，研读新约，且用方言翻译新约。
因着亚尔比根教徒反对罗马天主教，所以被教皇宣告为异端邪说。直到教皇依诺森三世在位时，他不允许亚尔比根派在欧洲传布，于是首先发书给兰多克州势力最大的伯爵雷蒙，命他把领土内的亚尔比根教徒都驱逐出境。雷蒙不肯接受，还杀了教皇特使。这举动惹火了教皇，他便在一二○八年发布教令，号召各国组织十字军征讨异端。
其实，逼迫始自主后一一四五年，有数名亚尔比根派信徒在科隆被烧死；而后几年教廷都曾明令公侯攻击亚尔比根派。教皇依诺森三世组织十字军，对付亚尔比根派，甚至宣布信奉异端为死罪。该次行动使法国南部遭到大肆蹂躏，达二十年之久。依诺森之后的继位者均持续执行对亚尔比根派的逼迫，并使宗教裁判所成为正式机构，继续执行此等消灭‘异端’之职务。
宗教裁判所（Inquisition）为教会历史中极黑暗的一页。罗马天主教以‘消灭异端为由’，于一二三三年正式成立了一个专门审判异端的教会法庭。在法庭中，被控异端者不准有律师，也不能得知原告的身分，一旦被控为异端，孩童、罪犯、或未经证实的传闻，均可当作正式证辞。被告在证实无辜前，都被视为有罪，当庭悔改者可由死刑改为终身监禁，凡为被告辩护者，均视为共犯。有些史学家发现，当时宗教裁判所采用的酷刑，就是那时期对一般罪犯所用的逼供手法。
罗马天主教企图以武力的手段来薅集稗子，却残害了许多生命的麦子，杀死许多正直爱主的真信徒，宗教裁判所对异端的惩处，于西班牙达到颠峰。然而许多宗教裁判所的成员，自己本身并不是基督徒。而宗教裁判所中的受害者，却有许多是传福音的真基督徒，他们因着明白基督所传讲的福音，而开始拒绝错误的‘异端教导’，却被冠上‘异端’之名，受尽羞辱，至终为信仰殉道。
长久以来，欧洲基督徒向往到耶路撒冷等圣地朝拜。然而，随着土耳其人的兴起，让朝圣者的安全增加了顾虑，加上土耳其人对拜占庭所带来的无形压力，一○九五年，在东罗马帝国皇帝的请求下，教皇号召信徒组成十字军，企图从回教徒手中，收复基督徒往日所失去的领土。一○七四至一二七○年间，欧洲共出现了六次主要的十字军东征。
十字军的呼召引起了热烈的回响，教皇信誓旦旦的表示，加入十字军不仅可以除罪消厄，死后还可以上天堂。然而，以收复圣地为由的十字军，却在攻占圣地耶路撒冷后，烧杀掳掠，使得罗马教廷威信大降，加上东征军队多为乌合之众，不仅使得欧洲动荡不安且资源耗尽。一二一二年，教廷甚至号召了一批由数千儿童所组成的儿童十字军，他们远渡到埃及的亚历山大港后，竟被商人当作奴隶出卖。
十字军东征使得欧洲的社会结构彻底改变，并促进了东西方贸易与文化的交流。贵族的地位逐渐由新兴的商人及地主取代。纺织品、食物和香料的输入，刺激欧洲经济的发展，而十字军所带回的财富亦促进了货币的制造与流通，自由思想开始出现，加上已往一度失散的希腊文学及哲学文献，此时再被发现，对西方的教会造成很大冲击，亟需面对并因应这些新涌入的思想。
总括来说，十字军的兴起，虽以夺回圣地耶路撒冷为由，但始终未达目标。然而，借着十字军的东征，为欧洲商业和经济带来革命性的影响，促进了东西文化交流，并刺激日后文艺复兴的兴起。
十四世纪民族主义兴起，教廷与君王之间冲突日盛；教皇波尼法修八世（Boniface Ⅷ）与法王腓力（Phillip）因着税款与权力的问题，引发一连串争斗。在波尼法修八世、本笃十一世（Benedict ⅩI）两位教皇相继去世后，新任教皇革利免五世（Clement Ⅴ）便在受制于法国，与罗马动荡不安的情形下，于一三○九年，将教皇宝座迁到法国南部的亚威农（Avignon）。教皇宝座设于亚威农长达七十年，这段时期被称为‘被掳的巴比伦’时期。尽管在法王的支持下，亚威农的教皇成为西欧最有权力的人，但教廷本身的腐败并未改善，教皇成为政治的附庸。教皇权威亦因此大失，一蹶不振，而西方教会也因缺乏属灵领导而更加腐败。
当时很多人对教会失去信心，最重要的原因，乃是教会本身的腐败。为了十字军东征，教会不负责任的以属灵的口号，鼓励人去参加，并且应许参军的人有天上的赏赐。因着教会滥用了她属灵的应许，结果便失去自己的信用。
再者，为了东征庞大的费用支出，教廷必须广辟财源。一三○○年，教皇波尼法修八世宣布该年为禧年，信徒只要到罗马朝圣，便可勾销领洗后所犯之罪，并且宣布凡未能亲自前往罗马者，可以金钱代替，此言一出，立刻为教廷财库带入丰富进账。此后，举凡整修教堂，财务拮据，教廷便大肆发出纳捐赦罪的赎罪证明，形成了赎罪券制度。
同时，神职人员之间买卖圣职，利用信徒迷信敛财的腐败事件也层出不穷。圣人的遗物、骨头、亚伦的杖、耶稣受审时走过的台阶，都成了信徒为自己或为在炼狱中的家人赎罪的凭藉。有句著名的话说，‘金银投入箱中叮当一响，灵魂立刻从炼狱中跳出来。’
除此之外，中世纪罗马教廷的奢华与荒淫也令人难以想像，教皇宫廷几乎成了娼馆。甚至有教皇因被捉奸在床，而被情妇丈夫所杀。难怪教皇比约二世（PiusⅡ）曾说，‘罗马是惟一由私生子管理的城。’
在这种灵性、道德衰落的情况下，仍有许多神忠心的仆人屡次企图改革教会。他们反对赎罪券的制度，主张回归圣经，在他们的努力之下，终于汇集成一股改革的巨潮，并在一五一七年，由路德马丁全面揭起此一改教运动。
文艺复兴（Renaissance）于一四○○年发源于义大利的翡冷翠（Florence，又作弗罗伦斯，即当时的Firenze）。文艺复兴一辞，法文原意为‘新生’，用以形容古希腊、罗马的文明，在艺术、文学、政治上的复兴。这个时代的主题是个人主义、世俗主义、理想主义；而社会重心也渐渐由封建制度下的王公贵族，转移到握有经济实权的商人和平民身上。
此时期最重要的人物，莫过于翡冷翠的麦迪奇家族（Medici）。因着麦迪奇家族的统治，翡冷翠经济蓬勃发展，政治安定，因而成为文艺复兴的中心。此家族原为贵族，十三世纪借着银行与金融业起家，累积了可观的财富。十四世纪，此家族的经济与政治的影响力渐增，麦迪奇沙威特（Salvestro）成了翡冷翠城邦的首长。然而，一三八二年，沙威特因独裁残暴而遭驱逐；尔后麦迪奇乔凡尼（Giovanni）重振家业，使此家族成了全义大利，甚至全欧洲最富有的家族，并于一四二一年成为翡冷翠城邦的首长。其子柯西莫（Cosimo）因减轻平民的税务，赢得下层社会支持，却也因此引起政敌的不满，将其流放。
当政敌消失之后，柯西莫虽不主动干预政局，麦迪奇家族却已成为掌控政权的惟一核心，柯西莫更被翡冷翠人敬称为‘国父’。十六世纪，麦迪奇家族提倡自由主义，尽管他们并不控制政府内任何官职，但仍以其财力和权势，操纵翡冷翠的政治。在其领导之下，翡冷翠的领土大为扩张，一五三○年，此家族将翡冷翠改为世袭王国，自任君主。族女麦迪奇凯萨琳（Catherine Medici）更嫁给法国王储亨利二世（Henry Ⅱ），当亨利二世去世后，成为法国实际主政者。除此之外，麦迪奇家族也产生两位文艺复兴时期的教皇，就是乔凡尼（Giovanni Angelo）和亚历山大（Alessandro）。文艺复兴名家米开朗基罗（Michelangelo）、拉斐尔（Raphael）、布拉曼德（Donato Bramante）等人，早年均接受过此家族的经济支持。
原为道明会士的萨沃那洛拉（Girolamo Savonarola），一四八一年被派到翡冷翠圣马可修道院任职。在讲道时，萨氏经常抨击教皇和教会的腐败，揭露麦迪奇家族的残暴统治，反对富人骄奢淫逸，主张重整社会道德，提倡虔诚修行生活，他的言行颇得平民的拥护。一四九一年，萨氏出任圣马可修道院院长。一四九四年，法王查理八世（Charlie Ⅷ）入侵义大利，麦迪奇家族投降，萨沃那洛拉遂成为平民起义的精神领袖。他领导平民赶走麦迪奇家族，恢复共和体制，向往将翡冷翠改造成一个神权统治、虔敬简朴的城市。
一四九七年，萨氏领导宗教改革，在市中心广场焚毁珠宝、衣服等华丽奢侈品，以及许多伤风败俗的书籍等；他禁止世俗音乐，推行圣歌，改革行政与税收制度，并谴责教皇亚历山大六世（Alexander Ⅵ）是‘撒但的代表’。同年，萨沃那洛拉遭教皇革除教籍。一四九八年四月，亚历山大六世与麦迪奇家族利用饥荒煽动群众攻击圣马可修道院。萨沃那洛拉被以分裂和异端狂想之罪名，在广场中心被处以绞刑，随后在广场上被焚烧。
主后一四三八年，罗马天主教在翡冷翠召开第十七次大公会议，针对东、西方教会自一○五四年以来的分裂，进行修睦。此次会议的主题，乃是影响东、西方教会分裂的‘和子’（filioque）议题。此论最早可追溯至奥古斯丁，奥氏曾言：‘话是单从父神而生，圣灵主要也由父而出。我之所以加上这几个字，因为我们知道圣灵也是由子而出。’七世纪时，西方教会将‘和子’（filioque）一辞，加入奈西亚康士坦丁堡信经有关基督的信条中，成了‘我信圣灵…从父和子出来’。东方教会严重反对此事，他们认为‘和子’论是一种异端观点，为此双方争闹不休，遂成为日后教会分裂之导火线。除了‘和子’论点的辩论之外，此次大公会议也颁布了炼狱教义，以及其他关于教皇权力等声明。
