一九四八年十一月和一九四九年二月，倪柝声弟兄在上海召开两次领头同工们的紧急特会。在最后一次聚会中，经过多方祷告和考量，倪弟兄决定为着主恢复的工作留在上海。一面，他完全信靠主的主宰；另一面，他知道有危险，他也预备好为主的见证牺牲。他甘愿如此，必是由于主恩典的供应。他决定留在上海以后，立刻采取行动，进行他在鼓岭的第二期训练。
一九五○年一月，他访问香港，打算停留片时，就回去中国大陆。各地的弟兄们劝他不要回去，警告他会有危险。然而，因着他对大陆上众召会、众同工、及主的见证的负担，他毫不犹豫的决定要回去。在这一面，他就像使徒保罗在行传二十章二十四节一样：‘我却不以性命为念，也不看为宝贵，只要行完我的路程，成就我从主耶稣所领受的职事。’他知道有危险，但他意志坚定，灵中勇敢，要行完他的路程，成就他从主所领受的职事。这时，他接到从汕头来的电报，说他母亲去世了。然而，因着大陆众召会和众同工急切的需要，他在三月中旬直接从香港回到上海，把他母亲安葬的事交由他大姊料理。
这是在中国的恢复紧要的时候。倪弟兄回到上海，劳苦照顾众召会和同工们，并造就许多从公会和自由团体转到主恢复的信徒。他预知即将发生的事，所以抓住机会，出版他在鼓岭两次训练中所释放的信息。他希望这些信息能保存下来，使众召会将来能得益处。
一九五二年春，他被捕入狱；经过长期的审讯，他在一九五六年夏被判十五年徒刑，但他至终并没有得着释放。
在他被监禁的期间，只有他的妻子得允许偶而去看他。他的妻子在一九七一年十一月七日去世，这使他极其忧伤，也断绝了他与外界一切的接触。她死后不久，在一九七二年五月三十日，倪柝声弟兄也走完了他在地上的旅程，与他付上生命代价所事奉的基督一同安息了。
他对主的信仰从未改变。他将自己当作奠祭，浇奠在主的恢复上，为着照顾众召会，就是照着他从主领受的异象和使命，借着他的职事所建立的。他打了美好的仗，跑尽了当跑的赛程，并守住了信仰。
他在被监禁的期间虽然受了限制，但他的职事却不被捆绑。（提后二9。）在主的主宰之下，他的职事传遍全世界，向今日的基督教作了相反的见证，对所有寻求主的基督徒却成了丰富生命的供应。
他惟一的负担在于众召会作神的家，神的帐幕。他自己属地的帐幕被拆毁了，但他心中所挂着的众召会不只仍然存在，更继续旺盛的生长，在地上广为开展。‘他虽然死了，却仍旧说话。’